RFACR01_ALERT_3_A  The value of the weighted R factor is > 0.45
            Weighted R factor given   0.501
PLAT084_ALERT_2_A High wR2 Value .................................       0.50      

Check 你的Z 值和你分子內原子數目

Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of  XXX

這個你有用squeeze 指令,請把xxx.sqz檔案內容
copy至xxx.cif檔案

RFACR01_ALERT_3_A  The value of the weighted R factor is > 0.45
            Weighted R factor given   0.501
PLAT084_ALERT_2_A High wR2 Value .................................       0.50      
和Z 值和分子內原子數目应该无关。仔细检查精修是否完成、模型有无错误、是否孪晶，另外一个很大的可能性是数据不好，可以重新挑一个质量好的晶体收集数据，必要时可以考虑低温测试。

从你的错误看，你的晶体解析根本还没有完成，R1和WR2值都非常的大，这样的数据进行cif check是没有任何意义的，同样对出现的错误进行的修改也没有任何意义，建议重新解析结构，等所有数值都符合要求了再进行check