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MS 吸附模型 如何消除层与层之间的空隙 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

作者 赵红霞
来源: 小木虫 900 18 举报帖子
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在MS里构建吸附模型时用到 build layer , 但是build layer之后的模型 层与层之间总是存在一定距离的空隙。如图所示。

层与层之间的空隙有没有办法消除?

因为最下层是固体,计算的时候需要固定,那么就没有办法用NPT来调整模型的体积大小。如果不消除空隙,上面溶液的密度就变小了。后面再用NVT计算的话,模型就有问题了。

那么如何消除空隙?或者有更好的办法吗?请高手指点

MS 吸附模型  如何消除层与层之间的空隙    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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  • 精华评论
  • MS_Z

    如果密度知道的话 能否使用packmol直接建立模型呢?这样应该就不会有空隙了吧

  • healthappy

    上面的往下移就行了

  • 飞天ssp

    往下移动

  • 赵红霞

    引用回帖:
    3楼: Originally posted by healthappy at 2017-03-28 15:08:10
    上面的往下移就行了

    往下移,最后上面让它空一大块吗

  • 赵红霞

    引用回帖:
    4楼: Originally posted by 飞天ssp at 2017-03-28 16:33:14
    往下移动

    往下移,最后上面让它空一大块吗?

  • 飞天ssp

    不是,可以改变c的值

  • 轻化染整

    晶体从表面改为3d的时候 改变真空度为0可以么

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