MS 吸附模型 如何消除层与层之间的空隙 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
在MS里构建吸附模型时用到 build layer , 但是build layer之后的模型 层与层之间总是存在一定距离的空隙。如图所示。
层与层之间的空隙有没有办法消除?
因为最下层是固体,计算的时候需要固定,那么就没有办法用NPT来调整模型的体积大小。如果不消除空隙,上面溶液的密度就变小了。后面再用NVT计算的话,模型就有问题了。
那么如何消除空隙?或者有更好的办法吗?请高手指点
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今日热帖
如果密度知道的话 能否使用packmol直接建立模型呢?这样应该就不会有空隙了吧
上面的往下移就行了
往下移动
往下移,最后上面让它空一大块吗
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往下移,最后上面让它空一大块吗?
不是,可以改变c的值
晶体从表面改为3d的时候 改变真空度为0可以么