lncRNA靶基因预测和功能分析
新lncRNA的查找我们一般使用rna-seq测序方法,通过分析cuffcompare中class_code为“u”的序列进行查找。我们在视频已经讲过了,如果大家希望对详细的过程进行研究,大家可以在掏宝搜索“生物信息视频”,跟我们联系。今天给大家讲下lncRNA的功能分析。
如果是已知lncRNA,我们有很多软件可以分析他们的功能,主要有以下几个软件: ChIPBase,NONCODE,starBase, LncRNADisease,DIANA-LncBase。今天我主要讲解starBase分析lncRNA的功能。我们首先进入主页:http://starbase.sysu.edu.cn/index.php。 然后我们按照图1的圆圈进行选择,选择“protein-lncRNA interaction”。
接下我们进入了图2的界面,然后再“lncRNA Gene Symbol: ”输入我们敢兴趣的lncRNA,假如我们输入“HOTAIR”。我们会得到图3的结果,这样一来,我们就找到了lncRNA可能的靶标。
找到靶标后,接下来的事情好办了,如果要知道lncRNA的功能,我们只需要拿图3的基因去做GO和KEGG分析,然后我们就可以知道lncRNA的功能了,强大吧。
如果我们是通过转录本测序的得到的lncRNA呢?我们都没有gene symbol,怎么去做靶基因预测和功能分析呢。这样话,我们通过构建共表达网络,找出与lncRNA具有共表达关系的基因作为lncRNA的潜在靶基因。构建共表达网络我们可以使用WGCNA这个R包完成,我们在做生物信息培训的时候对这个也有重点讲解。找到潜在靶基因之后,接下来就是对靶基因进行GO和KEGG分析了,非常方便。
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请问新转录本进行共表达分析的来寻找靶基因的的方法可不可以具体说下
请问新的lncRNA的靶基因预测可不可以详细的讲解下
请问KEGG做基因分类图时用的是靶基因在哪个库里的编号呢?是GO?还是怎么弄?
一般要达到一定的样本量才可以做共表达网络分析吧?
另外,靶基因预测的话,cis这种方法不考虑进去吗,
赞!请教一下如何预测lncRNA的靶基因,例如怎么使用lncTar,输入的序列是外显子还是cDNA?谢谢