1. 如何找出与自己研究有关的基因？：首先用其他物种（比如模式植物拟南芥）的基因序列去blast紫花苜蓿的测序结果，找到相关基因的同源序列，这些序列很可能就是拟南芥基因在紫花苜蓿里有对应功能的基因。
2. 之后怎么研究？通常在拟南芥里都是敲掉这个基因看表型。估计紫花苜蓿还没有相应的突变体库，很难找到突变体。如果可以做转化的话，那就做microRNA之类的去敲除相应基因。或者把全长基因克隆出来也是个不错的结果，然后提交序列到genebank。
3. 如何确定这些基因就是我们所研究性状的控制基因呢？跟第二个问题相关，一来如果可以把这些基因敲除做出突变体，就可以看突变体的性状是不是自己预期的；二来可以克隆紫花苜蓿中的基因，看能不能complement拟南芥相应突变体的表型。
先说这么多吧，希望对楼主有帮助。

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2楼: Originally posted by zhaolf at 2013-04-24 09:35:53
1. 如何找出与自己研究有关的基因？：首先用其他物种（比如模式植物拟南芥）的基因序列去blast紫花苜蓿的测序结果，找到相关基因的同源序列，这些序列很可能就是拟南芥基因在紫花苜蓿里有对应功能的基因。
2. 之后 ...

我们已经通过高通量测序了一部分，不过筛选差异基因时发现许多都是未知基因，假定蛋白，这种情况下接着怎么做？能找出自己所需要的未知基因是什么么？怎么确定这个基因就是控制这个性状的呢？搞科研真心要命，愁死了。对于你的解答，万分感激！！

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3楼: Originally posted by xinmutian at 2013-04-24 06:00:15
我们已经通过高通量测序了一部分，不过筛选差异基因时发现许多都是未知基因，假定蛋白，这种情况下接着怎么做？能找出自己所需要的未知基因是什么么？怎么确定这个基因就是控制这个性状的呢？搞科研真心要命，愁死 ...

未知基因和假定蛋白就没有办法了，即使是研究比较多的拟南芥也有很多很多不知道功能的基因。或许你可以扩展一下去别的物种里找找，有些基因的功能在不同物种间非常保守，我们很多时候就是找yeast里面的同源基因来研究拟南芥里基因的功能。所以要尽量找到并重点关注有信息的研究过的基因。
确定基因和性状的对应关系，我们在拟南芥里基本就是突变体的表型分析。研究未知基因确实比较难，建议还是跟老板或者做过紫花苜蓿这个物种的人多商量。不要发愁，多了解，多看文献，慢慢来
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4楼: Originally posted by zhaolf at 2013-04-25 03:14:05
未知基因和假定蛋白就没有办法了，即使是研究比较多的拟南芥也有很多很多不知道功能的基因。或许你可以扩展一下去别的物种里找找，有些基因的功能在不同物种间非常保守，我们很多时候就是找yeast里面的同源基因来研 ...

恩恩，好的，非常感谢。有机会多向你请教