红绿色应该是表示波函数的不同相位，貌似看过好像他们的平方可以表示电子云密度。单分子的HOMO-LUMO上分布的变化大致可以看出电荷转移的方向，也可以分别算出各个基团在基态和激发态的natural 或 milliken电荷分布，由电荷的大小看他们是否转移多少，个人愚见，仅供参考

nbo不是可以看电子分布吗？分布就可以开出电子转移吧

我也对分子轨道到底能讨论什么问题感兴趣，个人感觉还是多看看文献吧，我在google上搜索了一下关键字"ground +excited state+molecular orbital+electron transfer"找了几篇文献看看
http://144.206.159.178/FT/162/73548/1260895.pdf
http://theoryfirst.net/site/pdfs/cm010121d.pdf
第二个文献提到pi-pi*的电子转移，不知道是不是用4楼提到的nbo方法计算的，你随便看看吧，不知道这些有没有用，反正google一下应该是有用的，

非常感谢各位的建议