【求助/交流】如何用PAUP 进行形态学分支分析,开始如何建立next 文件?
要用PAUP做分支分析,一开始建立的文件都是文本,怎么才能变成NEXT 格式呢?直接改文件名末尾也不行。开始可以运行但最后老是出问题导致paup 退出。希望高手解惑啊。由于是形态学性状编码,不是先调整DNA序列再从其他软件中输出的next格式,摸不得头啊 返回小木虫查看更多
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要用PAUP做分支分析,一开始建立的文件都是文本,怎么才能变成NEXT 格式呢?直接改文件名末尾也不行。开始可以运行但最后老是出问题导致paup 退出。希望高手解惑啊。由于是形态学性状编码,不是先调整DNA序列再从其他软件中输出的next格式,摸不得头啊 返回小木虫查看更多
在CLUSTAL打开,保存时选NEXUS
如果是.phy倒是可以用命令直转换,要不你借鉴下看行不行吧,文本文档中输入:
#nexus
Begin paup;
toNexus format=phylip fromfile=myfile(英文或数字,勿中文).phy tofile=myfile.nxs datatype=DNA interleave=yes;
End;
用paup打开该文本文档,excute文档,保证你要转化的文件也在这个文档的同一文件夹内。
或者说吧文本在paup里open是选edit,将文本文档编辑成
#nexus
Begin paup;
matrix
1······自己序列
2
1
2
;
end;
编辑完保存下,用FILE里的excute “myfile”选项是不是也可以啊,但是编辑过程应该挺麻烦的
,
请问,你这个问题解决了吗?我是刚开始用PAUP,也是形态学性状编码,摸不得头,如果已解决,请多多指教我