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【求助/交流】如何用PAUP 进行形态学分支分析,开始如何建立next 文件?

作者 绿星云
来源: 小木虫 150 3 举报帖子
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要用PAUP做分支分析,一开始建立的文件都是文本,怎么才能变成NEXT 格式呢?直接改文件名末尾也不行。开始可以运行但最后老是出问题导致paup 退出。希望高手解惑啊。由于是形态学性状编码,不是先调整DNA序列再从其他软件中输出的next格式,摸不得头啊 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • ko0ko0

    在CLUSTAL打开,保存时选NEXUS

  • wodsh

    引用回帖:
    Originally posted by 绿星云 at 2011-02-23 22:05:14:
    要用PAUP做分支分析,一开始建立的文件都是文本,怎么才能变成NEXT 格式呢?直接改文件名末尾也不行。开始可以运行但最后老是出问题导致paup 退出。希望高手解惑啊。由于是形态学性状编码,不是先调整DNA序列再从 ...

    如果是.phy倒是可以用命令直转换,要不你借鉴下看行不行吧,文本文档中输入:
    #nexus
    Begin paup;
    toNexus format=phylip fromfile=myfile(英文或数字,勿中文).phy tofile=myfile.nxs datatype=DNA interleave=yes;
    End;
    用paup打开该文本文档,excute文档,保证你要转化的文件也在这个文档的同一文件夹内。

    或者说吧文本在paup里open是选edit,将文本文档编辑成
    #nexus
    Begin paup;

    matrix
    1······自己序列
    2
    1
    2

    end;
    编辑完保存下,用FILE里的excute “myfile”选项是不是也可以啊,但是编辑过程应该挺麻烦的

  • 纳兰清

    请问,你这个问题解决了吗?我是刚开始用PAUP,也是形态学性状编码,摸不得头,如果已解决,请多多指教我

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