两者都可定量，但是各有优势！
免疫组化的优势是可以原位显示目的蛋白的位置，而且可以用长期保存的石蜡切片来做，最近几年的TMA更是免疫组化的发展，可以同时显示几百个病例组与对照组的差别，非常直观！免疫组化主要是显示病例与对照的差别，但是用于定量不如WESTERN准确。
Western是蛋白定量和表达的强力工具，通过对目的蛋白量上的直接测定来检测目的基因的表达，相互样品之间表达量的比较通过ACTIN等持家基因来校正，比如比较A和B两个家庭的美女多少，A家庭有2美女，共5口人，B家庭有4个美女共20口人，那显然A家庭的美女2/5大于B的1/5。当然在实际操作中我们尽量让内参表达一致，这也目的蛋白的表达量就很直观了，就是说我们两家都是10口人，这样再比较美女的多少就更直观了，

是应用免疫学基本原理——抗原抗体反应，即抗原与抗体特异性结合的原理，通过化学反应使标记抗体的显色剂 (荧光素、酶、金属离子、同位素) 显色来确定组织细胞内抗原(多肽和蛋白质)，对其进行定位、定性及定量的研究，称为免疫组织化学技术(immunohistochemistry)或免疫细胞化学技术(immunocytochemistry)。