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【转贴】大分子蛋白质模拟:Amber, Gromacs和NAMD之我见

作者 linxi1454
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恩~算来从学习MD到现在已经有将近3年了,Amber, Gromacs, NAMD这三个软件也用了不少!有一些小小的感受吧,随便说说~

只针对大分子蛋白质的模拟,纯分子力学,来讲:
Amber最好学,最容易上手,但是计算速度实在是不敢恭维,如果没有超级计算机或者计算集群的话!但是其分析工具用起来比较爽,一般所要想得到的信息基本上都能搞定拿到,稍微会一些Perl语言会比较有版主,特别是在使用MM_PBSA的时候!但是其方法延伸有些少,我是指比如SMD,TMD之类的东东。对了,还有就是力场单一,只有amber力场,虽然其对小分子的参数化坐的比较容易,也只是在操作上容易而已了!

Gromacs,速度快,力场多,分析系统模块化,用起来很爽,操作稍微复杂些,但是用熟了之后,觉得还行!群概念的引入着实不错,很实用。不足的就是对MD延伸方法的支持较少,用深了之后,觉得总是让人有些遗憾,好多功能不好实现!

我是先学的前两个,各发了一篇小文章,IF都不到4.0!然后学的NAMD~~

NAMD,它的出现让我心情为之一振!好东西啊,当他和VMD连用的时候,加上TCL和PERL语言,简直几乎可以无所不能了!但是,我却不推荐刚入门的朋友用这个东东,原因只有一点:分析工具较为缺乏。需要自己写scripts,有些痛苦!如果做的多了,深了,外加哥们有点编程基础,NAMD自然是最好的选择,它让一切皆有可能!

个人浅见:着急入门,着急发文章毕业的,比如本科毕业生,用Amber;有点时间,想了解一点MD较深层东西的,比如硕士生,用GROMACS;想发好文章,时间充足,确实做出点有用的,有难度的东西出来,比如博士生,没话讲:NAMD。

原文是一科大校友发表在分子模拟论坛:http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=1204
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  • 精华评论
  • beefly

    很好很强大!

    charmm和tincker又如何呢?

  • yalefield

    是TINKER,不是tincker.

  • c00jsw00

    Charmm is a very good molecular smulation software  and cotain many modules of extension md simulations. But the speed of the
    software is slowly ( I tested  it in ibmp690..etc ) .

  • shaoqingfly

    呵呵,我也是做分子模拟的,前后用过Tinker,Gromacs,DLPoly,NAMD等等。个人觉得软件的选择主要是看你的系统,研究对象,对应力场。我主要是做受限流体分子的模拟。Gromacs还是比较爽的,尤其是其计算速度和最后轨迹文件的大小,说实话是别的软件无法比拟的,所谓的性价比最高。由于其在MD的核心算法上采用了一些非常底层的语言,例如汇编等,所有扩展性不是很好。这可能也是其高速度的一种不可避免的牺牲吧。
    NAMD和Gromacs的另一个特点是其对并行的支持上,因为实验室条件有限,没有很多机器给我试验,所以没有什么一手资料。但是单机上gromacs的速度应该超过NAMD的。
    至于分析系统,其实大家既然做到了分子模拟这一行,自己编程是不可避免的,分析系统还是自己手写的好。因为自己的课题而需要做一些修改的,还是自己手动修改的好,这样也是一种锻炼嘛。
    至于2楼说的Tinker,好像做一些极化力场的比较好,别的体系没有什么特别突出的优势,计算速度也不是特别的快。
    以上纯属个人意见,

  • xxffliu

    NAMD的主要是针对大体系多CPU并行的条件进行设计的。因此如果你的体系没有上百万个原子,CPU数目又很少的话,NAMD是没有优势的。NAMD在运行期间会对CPU的负载进行优化,因此会越跑越快!我们曾经试过512个CPU,加速比非常高!

  • linxi1454

    namd没有优势?你觉得gpu是个废物吗?

  • gromacs

    斯坦福VJ Pande他们做的folding@home可以支持gmx的gpu计算,而且新版gmx不仅单机快,并行效率也上去了,主要是pme算法分配了专门的cpu来单独计算

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