【转贴】大分子蛋白质模拟：Amber, Gromacs和NAMD之我见
恩～算来从学习MD到现在已经有将近３年了，Amber, Gromacs, NAMD这三个软件也用了不少！有一些小小的感受吧，随便说说～
只针对大分子蛋白质的模拟，纯分子力学，来讲：
Amber最好学，最容易上手，但是计算速度实在是不敢恭维，如果没有超级计算机或者计算集群的话！但是其分析工具用起来比较爽，一般所要想得到的信息基本上都能搞定拿到，稍微会一些Perl语言会比较有版主，特别是在使用MM_PBSA的时候！但是其方法延伸有些少，我是指比如SMD，TMD之类的东东。对了，还有就是力场单一，只有amber力场，虽然其对小分子的参数化坐的比较容易，也只是在操作上容易而已了！
Gromacs，速度快，力场多，分析系统模块化，用起来很爽，操作稍微复杂些，但是用熟了之后，觉得还行！群概念的引入着实不错，很实用。不足的就是对MD延伸方法的支持较少，用深了之后，觉得总是让人有些遗憾，好多功能不好实现！
我是先学的前两个，各发了一篇小文章，IF都不到4.0！然后学的NAMD～～
NAMD，它的出现让我心情为之一振！好东西啊，当他和VMD连用的时候，加上TCL和PERL语言，简直几乎可以无所不能了！但是，我却不推荐刚入门的朋友用这个东东，原因只有一点：分析工具较为缺乏。需要自己写scripts，有些痛苦！如果做的多了，深了，外加哥们有点编程基础，NAMD自然是最好的选择，它让一切皆有可能！
个人浅见：着急入门，着急发文章毕业的，比如本科毕业生，用Amber；有点时间，想了解一点MD较深层东西的，比如硕士生，用GROMACS；想发好文章，时间充足，确实做出点有用的，有难度的东西出来，比如博士生，没话讲：NAMD。
原文是一科大校友发表在分子模拟论坛：http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=1204
[net]http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=1204[/net]
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很好很强大！
charmm和tincker又如何呢？
是TINKER，不是tincker.
Charmm is a very good molecular smulation software and cotain many modules of extension md simulations. But the speed of the
software is slowly ( I tested it in ibmp690..etc ) .
呵呵，我也是做分子模拟的，前后用过Tinker，Gromacs，DLPoly，NAMD等等。个人觉得软件的选择主要是看你的系统，研究对象，对应力场。我主要是做受限流体分子的模拟。Gromacs还是比较爽的，尤其是其计算速度和最后轨迹文件的大小，说实话是别的软件无法比拟的，所谓的性价比最高。由于其在MD的核心算法上采用了一些非常底层的语言，例如汇编等，所有扩展性不是很好。这可能也是其高速度的一种不可避免的牺牲吧。
NAMD和Gromacs的另一个特点是其对并行的支持上,因为实验室条件有限，没有很多机器给我试验，所以没有什么一手资料。但是单机上gromacs的速度应该超过NAMD的。
至于分析系统，其实大家既然做到了分子模拟这一行，自己编程是不可避免的，分析系统还是自己手写的好。因为自己的课题而需要做一些修改的，还是自己手动修改的好，这样也是一种锻炼嘛。
至于2楼说的Tinker，好像做一些极化力场的比较好，别的体系没有什么特别突出的优势，计算速度也不是特别的快。
以上纯属个人意见，
NAMD的主要是针对大体系多CPU并行的条件进行设计的。因此如果你的体系没有上百万个原子，CPU数目又很少的话，NAMD是没有优势的。NAMD在运行期间会对CPU的负载进行优化，因此会越跑越快！我们曾经试过512个CPU，加速比非常高！
namd没有优势?你觉得gpu是个废物吗？
斯坦福VJ Pande他们做的folding@home可以支持gmx的gpu计算，而且新版gmx不仅单机快，并行效率也上去了，主要是pme算法分配了专门的cpu来单独计算