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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 关于blast的一个问题
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蜗牛pig清

金虫 (小有名气)

[求助] 关于blast的一个问题 已有1人参与

我想看看某个基因A在另一物种X中是否有同源基因，我先找到A然后blast比对，在结果中没有X的信息，是否就能说明A基因在物种X中没有同源基因？blast结果是否包含所有的结果？求指导！！！！！！！！谢谢大家了！
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才智有限，大志未绝
1楼 2015-06-01 13:20:26
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jlzheng1224

铜虫 (小有名气)
我查到A基因在X物种内的核酸序列，如何BLAST这个A基因在Y物种或其他物种内的同源性？？
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好好学习天天向上。。
2楼2015-06-01 16:25:58
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
蜗牛pig清: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢！ 2015-06-01 23:22:56
wizardfan: 金币+2, 感谢应助 2015-06-02 06:58:34
网页版的 NCBI 的blast只显示比对的部分结果，因为如果比对结果很多的话，加载要很长时间。看两物种的同源基因，首先判断物种亲缘关系，比如水稻和小麦就比和拟南芥亲，如果亲缘关系近，就用基因做blast，如果亲缘关系远就最好翻译成蛋白再比对。比对的时候，要找到你所指的X物种的基因组或者蛋白组，最好不要用NCBI默认的数据库，因为那样做干扰信息太多，物种的同源基因会因为同源性不高而被隐去。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2015-06-01 21:32:12
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蜗牛pig清

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuderong at 2015-06-01 21:32:12
网页版的 NCBI 的blast只显示比对的部分结果，因为如果比对结果很多的话，加载要很长时间。看两物种的同源基因，首先判断物种亲缘关系，比如水稻和小麦就比和拟南芥亲，如果亲缘关系近，就用基因做blast，如果亲缘关 ...

我是做微生物的，比如说表葡菌的某个基因在金葡菌里面也没有，是不是说明就是没有呢？我再试试翻译成蛋白质试试。谢谢你帮我解答，一点金币不成敬意。
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才智有限，大志未绝
4楼2015-06-01 23:21:46
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuderong at 2015-06-01 21:32:12
网页版的 NCBI 的blast只显示比对的部分结果，因为如果比对结果很多的话，加载要很长时间。看两物种的同源基因，首先判断物种亲缘关系，比如水稻和小麦就比和拟南芥亲，如果亲缘关系近，就用基因做blast，如果亲缘关 ...

Translating into proteins only works when the genes expressed in both species, not a very good idea.

Checking BLAST result by e-value instead of identity is a good idea
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5楼2015-06-02 07:00:34
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