| 查看: 3780 | 回复: 9 | ||
[求助]
关于COG 分类问题？
|
|
完全按照说明进行，将cog0303.fa下载下来重新做的COG， 按要求处理的queryGen, blast之后分别保存到 BLASTno 和BLASTff文件夹中 然后运行 COGreadblast之后的hits.csv中全是cog.fa中的蛋白，query2subject.csv也是cog.fa中的蛋白，self.csv为空， 再运行COGcognitor之后，得到的全是部分cog0303.fa中蛋白的分类信息，请问可能是什么原因导致的呢？ 多谢多谢 ！  |
回复此楼» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有132人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- SVM 分类问题 matlab程序
已经有6人回复
- 关于一个药品注册分类和新药监测期的问题
已经有11人回复
- 请教一下中国中药杂志的分类号和文献标识，以及文章编号的问题
已经有5人回复
- 如何做全蛋白组的COG批量分类
已经有6人回复
- 关于白油编号如何分类的问题?
已经有3人回复
- 2007版药品注册管理办法中化药和中药分类问题
已经有4人回复
- 中药注册分类的问题
已经有4人回复
- 噬菌体分类问题
已经有10人回复
- 注册分类5类的缓释制剂人体药代试验设计问题
已经有3人回复
- CSC 资助标准中 （美国标准分类问题）
已经有13人回复
- 【讨论】关于药品注册分类问题，怎么样算改变处方？
已经有4人回复
- 【求助】化学工程与工艺专业分类问题
已经有7人回复
- 【求助】ENVI中决策树分类的问题
已经有7人回复
- 【资源】关于光的分类问题
已经有3人回复
- 【求助】关于二分类变量logistic回归分析的预测问题
已经有6人回复
2楼2013-12-20 00:54:30
liuwei4410
金虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 942.4
- 散金: 596
- 红花: 1
- 帖子: 634
- 在线: 115.8小时
- 虫号: 1272527
- 注册: 2011-04-21
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
3楼2013-12-21 23:17:32
4楼2013-12-27 11:22:58
5楼2013-12-27 11:23:23
|
这里把我的经验教训贴一下，希望能够对出现类似问题的同志有所帮助。 1）如果下载了cog0303.fa得到的domain文件，就不需要重新blast cog0303.fa了，除非想用新的数据库生成最新的COG。此处，需要注意COG的blast结果文件夹要和queryGen 的blast结果文件夹分别存放，如果放到同一个文件夹中，cogreadblast程序就会出现读取顺序问题，这是我出现的第一个问题。 2）有一些序列的complexity比较低，在进行filter的blast时会出现错误提示，BLAST engine error: Warning: Could not calculate ungapped Karlin-Altschul parameters due to an invalid query sequence or its translation. Please verify the query sequence(s) and/or filtering options。 此时最好找到此序列，将其从数据库中删除，才不影响整个blast的运行.这是我出现的第二个问题。 3)query ID和subject ID各自的格式需要一致，我本次的主要问题就是queryGen是从不同的数据库提取的，因此ID形式不太一样。而COG要求-q 后面指定的是能够区分不同样本的ID块，比如lcl|ncbi_0003|12346543,这里面，能够区分不同是第三个ID块，因此 -q=3. |
6楼2013-12-27 11:39:54
7楼2014-05-02 03:44:55
wang4681060
铁虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 64.5
- 帖子: 156
- 在线: 51.3小时
- 虫号: 2045697
- 注册: 2012-10-06
- 性别: GG
- 专业: 肿瘤生物治疗
8楼2014-11-07 22:14:06
9楼2015-03-18 20:37:05
10楼2015-06-04 11:14:56
5