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关于COG 分类问题？
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完全按照说明进行，将cog0303.fa下载下来重新做的COG， 按要求处理的queryGen, blast之后分别保存到 BLASTno 和BLASTff文件夹中 然后运行 COGreadblast之后的hits.csv中全是cog.fa中的蛋白，query2subject.csv也是cog.fa中的蛋白，self.csv为空， 再运行COGcognitor之后，得到的全是部分cog0303.fa中蛋白的分类信息，请问可能是什么原因导致的呢？ 多谢多谢 ！  |
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2楼2013-12-20 00:54:30
liuwei4410
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3楼2013-12-21 23:17:32
4楼2013-12-27 11:22:58
5楼2013-12-27 11:23:23
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这里把我的经验教训贴一下，希望能够对出现类似问题的同志有所帮助。 1）如果下载了cog0303.fa得到的domain文件，就不需要重新blast cog0303.fa了，除非想用新的数据库生成最新的COG。此处，需要注意COG的blast结果文件夹要和queryGen 的blast结果文件夹分别存放，如果放到同一个文件夹中，cogreadblast程序就会出现读取顺序问题，这是我出现的第一个问题。 2）有一些序列的complexity比较低，在进行filter的blast时会出现错误提示，BLAST engine error: Warning: Could not calculate ungapped Karlin-Altschul parameters due to an invalid query sequence or its translation. Please verify the query sequence(s) and/or filtering options。 此时最好找到此序列，将其从数据库中删除，才不影响整个blast的运行.这是我出现的第二个问题。 3)query ID和subject ID各自的格式需要一致，我本次的主要问题就是queryGen是从不同的数据库提取的，因此ID形式不太一样。而COG要求-q 后面指定的是能够区分不同样本的ID块，比如lcl|ncbi_0003|12346543,这里面，能够区分不同是第三个ID块，因此 -q=3. |
6楼2013-12-27 11:39:54
7楼2014-05-02 03:44:55
wang4681060
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8楼2014-11-07 22:14:06
9楼2015-03-18 20:37:05
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