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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于COG 分类问题？
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cruier

铜虫 (正式写手)

[求助] 关于COG 分类问题？

完全按照说明进行，将cog0303.fa下载下来重新做的COG，
按要求处理的queryGen, blast之后分别保存到 BLASTno 和BLASTff文件夹中
然后运行 COGreadblast之后的hits.csv中全是cog.fa中的蛋白，query2subject.csv也是cog.fa中的蛋白，self.csv为空，
再运行COGcognitor之后，得到的全是部分cog0303.fa中蛋白的分类信息，请问可能是什么原因导致的呢？


多谢多谢 ！
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愿你们的青春都如同教堂上的天空，有神经过~~
1楼 2013-12-18 18:10:21
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asr

荣誉版主 (知名作家)
你做的各步骤，都是干嘛？知道吗？
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思想极度邪恶，勿怕勿怪！\(^o^)/~
2楼2013-12-20 00:54:30
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liuwei4410

金虫 (正式写手)
你是在做COG的功能注释么？
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一切都是浮云，开心最重要！
3楼2013-12-21 23:17:32
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cruier

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by asr at 2013-12-20 00:54:30
你做的各步骤，都是干嘛？知道吗？

与cog的开发人员沟通了一下，问题已解决
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愿你们的青春都如同教堂上的天空，有神经过~~
4楼2013-12-27 11:22:58
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cruier

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuwei4410 at 2013-12-21 23:17:32
你是在做COG的功能注释么？

是的
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愿你们的青春都如同教堂上的天空，有神经过~~
5楼2013-12-27 11:23:23
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cruier

铜虫 (正式写手)
这里把我的经验教训贴一下，希望能够对出现类似问题的同志有所帮助。
1）如果下载了cog0303.fa得到的domain文件，就不需要重新blast cog0303.fa了，除非想用新的数据库生成最新的COG。此处，需要注意COG的blast结果文件夹要和queryGen 的blast结果文件夹分别存放，如果放到同一个文件夹中，cogreadblast程序就会出现读取顺序问题，这是我出现的第一个问题。
2）有一些序列的complexity比较低，在进行filter的blast时会出现错误提示，BLAST engine error: Warning: Could not calculate ungapped Karlin-Altschul parameters due to an invalid query sequence or its translation. Please verify the query sequence(s) and/or filtering options。 此时最好找到此序列，将其从数据库中删除，才不影响整个blast的运行.这是我出现的第二个问题。
3)query ID和subject ID各自的格式需要一致，我本次的主要问题就是queryGen是从不同的数据库提取的，因此ID形式不太一样。而COG要求-q 后面指定的是能够区分不同样本的ID块，比如lcl|ncbi_0003|12346543,这里面，能够区分不同是第三个ID块，因此 -q=3.
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6楼2013-12-27 11:39:54
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宁城宿莽

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cruier at 2013-12-27 11:39:54
这里把我的经验教训贴一下，希望能够对出现类似问题的同志有所帮助。
1）如果下载了cog0303.fa得到的domain文件，就不需要重新blast cog0303.fa了，除非想用新的数据库生成最新的COG。此处，需要注意COG的blast结果 ...

LZ能不能详细介绍一下具体流程啊...小弟正在愁着怎么做呢！谢谢
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7楼2014-05-02 03:44:55
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wang4681060

铁虫 (小有名气)
楼主，COG基因功能注释是怎么做的，麻烦给个具体流程，我最近也准备做，我是做噬菌体的，我只想跟COG里的噬菌体库比，得到基因功能注释，楼主指教！！！
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8楼2014-11-07 22:14:06
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sam-lifei

金虫 (小有名气)
恳请LZ把COGs数据库的具体使用步骤写一下，让我们这些初学者稍微容易点。网上没有一个完整的信息，都不知道去哪学习。感谢楼主！
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9楼2015-03-18 20:37:05
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sunteen

新虫 (初入文坛)
恳求LZ分享COGs数据库的具体使用步骤！！！
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10楼2015-06-04 11:14:56
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