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cruier

铜虫 (正式写手)

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专业: 生物信息学

[求助] 关于COG 分类问题？

完全按照说明进行，将cog0303.fa下载下来重新做的COG，
按要求处理的queryGen, blast之后分别保存到 BLASTno 和BLASTff文件夹中
然后运行 COGreadblast之后的hits.csv中全是cog.fa中的蛋白，query2subject.csv也是cog.fa中的蛋白，self.csv为空，
再运行COGcognitor之后，得到的全是部分cog0303.fa中蛋白的分类信息，请问可能是什么原因导致的呢？

多谢多谢！

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愿你们的青春都如同教堂上的天空，有神经过~~

1楼 2013-12-18 18:10:21

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

宁城宿莽

新虫 (小有名气)

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引用回帖:

6楼: Originally posted by cruier at 2013-12-27 11:39:54
这里把我的经验教训贴一下，希望能够对出现类似问题的同志有所帮助。
1）如果下载了cog0303.fa得到的domain文件，就不需要重新blast cog0303.fa了，除非想用新的数据库生成最新的COG。此处，需要注意COG的blast结果 ...

LZ能不能详细介绍一下具体流程啊...小弟正在愁着怎么做呢！谢谢