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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 环境样品全基因组测序和转录组测序相关
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ningzhuozhuo

金虫 (小有名气)

[求助] 环境样品全基因组测序和转录组测序相关 已有1人参与

想比较不同环境样品中的C循环、N循环等相关功能基因的丰度，用那种分子生物学方法好呢？环境样品全基因组测序是否可以啊？另外测定功能的表达，转录组测序是否可以啊？如果要测，哪家公司比较实惠啊？小弟刚接触，请大神指点!谢谢！
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1楼 2015-05-19 10:00:20
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holyala

木虫 (著名写手)

砖家

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2015-05-20 09:05:07
ningzhuozhuo: 金币+10, ★有帮助 2015-05-20 18:08:26
你可以查一查宏基因组、宏转录组方面的文献。环境样本中特定基因的abundance，用metagenomics方法可以做。表达量，宏转录组可以，不过要简单点的话，rt-qPCR就行了。前提是RNA提得好。
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2楼2015-05-19 10:25:08
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ningzhuozhuo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by holyala at 2015-05-19 10:25:08
你可以查一查宏基因组、宏转录组方面的文献。环境样本中特定基因的abundance，用metagenomics方法可以做。表达量，宏转录组可以，不过要简单点的话，rt-qPCR就行了。前提是RNA提得好。

metagenomics是不是费用很高啊
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3楼2015-05-19 11:04:07
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holyala

木虫 (著名写手)

砖家
引用回帖:
3楼: Originally posted by ningzhuozhuo at 2015-05-19 11:04:07
metagenomics是不是费用很高啊...

也不会，一个样本八千到一万吧，建库测序加分析。
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4楼2015-05-19 11:12:18
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ningzhuozhuo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by holyala at 2015-05-19 11:12:18
也不会，一个样本八千到一万吧，建库测序加分析。...

那还在可以接受的范围内，哪里的测序性价比比较高啊，您了解么？
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5楼2015-05-19 14:07:03
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