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园园补补铁虫 (小有名气)
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转录组测序后，与NCBI上提供的参考基因组mapping率极低的问题 已有6人参与
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刚刚接触生物信息学就遇到了一个问题，请各位帮忙解答，不胜感激。 在确定用的菌种无误的情况下，将新鲜菌体液氮处理后干冰送样至公司，之后所有的工作都是公司专业人员操作，但是最近几天却被告知测出来的基因组与NCBI上提供的参考基因组mapping率极低，根本无法理解，找不到原因也没办法让公司重测，就这样一直耗着，请高手帮忙解答一下 |
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【答案】应助回帖
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园园补补(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-08-10 10:50:55
园园补补(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-08-10 10:50:55
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需要查看原始数据后才能做出判断。可能原因： 1、测序质量过低。高通量测序大约会有一定比例测序的lane整个失败，但比例很低。如果遇到不懂的人当然就直接把低质量的一起比对再说啦。 2、样本污染。这个就像楼上说的，blast一下。如果楼主不会生物信息，就挑选个20多条看看，注意随机挑选，不要光看前面的，前面的read一般质量都稍差一点哦。但是发现是样本污染，责任就不好界定啦。以我们实验室的经验，很多可能还真是自己不小心。因为有时候污染的样本我通过信息分析后确定了是其它样本污染，所谓的其它样本都没送给公司。 3、大规模变异？不知道你的菌种，NCBI上的reference一般不会和你的一模一样，万一100个bp中有5个变异，你就比对不上啦。测序质量稍微低点，100个bp中有2-3个变异也比不上啊。 综上觉得，一个实验室还是需要真正懂信息分析的人。见过很多实验室生物信息的人，发现完全令人觉得生物信息人员原来可以这么水。 |
7楼2014-08-08 13:37:35
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9楼2015-03-23 17:26:35
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