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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 转录组测序后，与NCBI上提供的参考基因组mapping率极低的问题
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园园补补

铁虫 (小有名气)

[求助] 转录组测序后，与NCBI上提供的参考基因组mapping率极低的问题 已有6人参与

刚刚接触生物信息学就遇到了一个问题，请各位帮忙解答，不胜感激。
在确定用的菌种无误的情况下，将新鲜菌体液氮处理后干冰送样至公司，之后所有的工作都是公司专业人员操作，但是最近几天却被告知测出来的基因组与NCBI上提供的参考基因组mapping率极低，根本无法理解，找不到原因也没办法让公司重测，就这样一直耗着，请高手帮忙解答一下
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1楼 2014-08-03 11:10:30
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园园补补

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jingang99 at 2015-03-23 17:26:35
请问低到什么程度呢？有具体的数据吗？我送去测序的一个样品，低到20%，最好能做到40%左右

二三十左右，之后追加了这个菌株的基因组，直接用自己的基因组做参考，mapping率一下子高到九十几。。。这是我的血泪史

[ 发自小木虫客户端 ]
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10楼2015-03-23 21:45:03
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cai3110274

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
祝福楼主 按照合同条款  确定问题在公司 可以使用法律武器 保护自己合法权益  不能放任无良公司 忽悠科研工作者
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夫天地者万物之逆旅
2楼2014-08-05 19:03:42
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
园园补补(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-08 09:34:03
如果你这边菌种没有问题，那估计就是菌种在公司被污染了。测序公司出这种事情也不是第一次。
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3楼2014-08-07 19:52:01
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园园补补

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by growlywolf at 2014-08-07 19:52:01
如果你这边菌种没有问题，那估计就是菌种在公司被污染了。测序公司出这种事情也不是第一次。

公司怎么都不会承认的。。。

[ 发自小木虫客户端 ]
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4楼2014-08-08 07:03:03
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