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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 想请教我基因组测序中在ncbi中完整的一个基因在这里变成了两个小的基因，怎么回事？
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ciwei98

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核酸生物学实验经验 生物信息学

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1楼 2014-08-01 10:36:04
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-08-01 14:49:57
应该是测序后组装的问题，用不同的方法组装会有差异。也有可能是你们测序用的材料中，这个基因本身就带有插入序列。
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2楼2014-08-01 11:29:07
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ciwei98

禁虫 (小有名气)
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3楼2014-08-01 14:48:09
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happydove

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
怎么是分成两部分？
这可能是测序问题。
这类问题要回答就做一个PCR扩增，然后sanger测序一下就知道了，否则很难说的
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4楼2014-08-01 16:07:30
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ciwei98(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-03 19:07:00
引用回帖:
3楼: Originally posted by ciwei98 at 2014-08-01 14:48:09
这个基因被分成的两部分，前面基因的3端与下个基因的5端有14bp的重复，前面基因的3端有n值。...

1 测序后基因拼接重复了，重新拼接就好。
2 N是那个点测序信号不明显或者峰值太乱无法确认

[ 发自小木虫客户端 ]
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大家相互帮助哈
5楼2014-08-01 16:23:19
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柠萌粉

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
ciwei98(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-03 19:07:10
楼上大家都说得差不多了，你可以把accession number发出来，我猜多半你说的两个“基因”，根本不是基因，就只是config
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6楼2014-08-01 16:29:00
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ciwei98

禁虫 (小有名气)
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7楼2014-08-03 15:14:31
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ciwei98

禁虫 (小有名气)
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8楼2014-08-03 15:17:09
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by ciwei98 at 2014-08-03 15:17:09
有插入序列？这个基因正常的我的这种菌中都有这个基因，在ncbi中这个基因都是1350bp的。那这就是测序的问题?...

你要是真的需要确认，那就从两端设计一对引物，PCR后重新再测。
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9楼2014-08-03 20:37:13
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