| 查看: 5680 | 回复: 11 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
园园补补铁虫 (小有名气)
|
[求助]
转录组测序后，与NCBI上提供的参考基因组mapping率极低的问题 已有6人参与
|
||
|
刚刚接触生物信息学就遇到了一个问题，请各位帮忙解答，不胜感激。 在确定用的菌种无误的情况下，将新鲜菌体液氮处理后干冰送样至公司，之后所有的工作都是公司专业人员操作，但是最近几天却被告知测出来的基因组与NCBI上提供的参考基因组mapping率极低，根本无法理解，找不到原因也没办法让公司重测，就这样一直耗着，请高手帮忙解答一下 |
回复此楼» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有276人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 想请教我基因组测序中在ncbi中完整的一个基因在这里变成了两个小的基因，怎么回事？
已经有8人回复
- 请教，转录组测序与基因组测序结果分析
已经有4人回复
- 转录组测序后的序列在NCBI上BLAST后遇到的一些问题，求解答
已经有5人回复
- 转录组测序还是基因组测序？
已经有6人回复
- 生物信息学专题－生物版，医学版和信息科学版共同创建
已经有87人回复
liyf_1987
新虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 1603.6
- 散金: 50
- 帖子: 238
- 在线: 92.4小时
- 虫号: 1226668
- 注册: 2011-03-09
- 专业: 人类遗传学
【答案】应助回帖
★ ★ ★
园园补补(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-08-10 10:50:55
园园补补(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-08-10 10:50:55
|
需要查看原始数据后才能做出判断。可能原因： 1、测序质量过低。高通量测序大约会有一定比例测序的lane整个失败，但比例很低。如果遇到不懂的人当然就直接把低质量的一起比对再说啦。 2、样本污染。这个就像楼上说的，blast一下。如果楼主不会生物信息，就挑选个20多条看看，注意随机挑选，不要光看前面的，前面的read一般质量都稍差一点哦。但是发现是样本污染，责任就不好界定啦。以我们实验室的经验，很多可能还真是自己不小心。因为有时候污染的样本我通过信息分析后确定了是其它样本污染，所谓的其它样本都没送给公司。 3、大规模变异？不知道你的菌种，NCBI上的reference一般不会和你的一模一样，万一100个bp中有5个变异，你就比对不上啦。测序质量稍微低点，100个bp中有2-3个变异也比不上啊。 综上觉得，一个实验室还是需要真正懂信息分析的人。见过很多实验室生物信息的人，发现完全令人觉得生物信息人员原来可以这么水。 |
7楼2014-08-08 13:37:35
cai3110274
木虫 (职业作家)
- 应助: 29 (小学生)
- 金币: 2955.6
- 散金: 2724
- 红花: 7
- 帖子: 3349
- 在线: 117.4小时
- 虫号: 1410159
- 注册: 2011-09-20
- 性别: GG
- 专业: 微生物学
2楼2014-08-05 19:03:42
growlywolf
金虫 (小有名气)
- 应助: 39 (小学生)
- 金币: 3078
- 散金: 1111
- 红花: 10
- 帖子: 233
- 在线: 87.5小时
- 虫号: 2454017
- 注册: 2013-05-08
- 专业: 生物信息学
3楼2014-08-07 19:52:01
园园补补
铁虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1324.7
- 散金: 30
- 红花: 1
- 帖子: 237
- 在线: 56.3小时
- 虫号: 1662277
- 注册: 2012-03-03
- 性别: MM
- 专业: 生物信息学
4楼2014-08-08 07:03:03
