24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

园园补补

铁虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 1324.7
散金: 30
红花: 1
帖子: 237
在线: 56.3小时
虫号: 1662277
注册: 2012-03-03
性别: MM
专业: 生物信息学

[求助] 转录组测序后，与NCBI上提供的参考基因组mapping率极低的问题已有6人参与

刚刚接触生物信息学就遇到了一个问题，请各位帮忙解答，不胜感激。
在确定用的菌种无误的情况下，将新鲜菌体液氮处理后干冰送样至公司，之后所有的工作都是公司专业人员操作，但是最近几天却被告知测出来的基因组与NCBI上提供的参考基因组mapping率极低，根本无法理解，找不到原因也没办法让公司重测，就这样一直耗着，请高手帮忙解答一下

回复此楼

» 猜你喜欢

为什么蛋白质氨基酸测定大家都测17种? 已经有5人回复
《灰分记：我与坩埚的“灰烬”之恋》已经有3人回复
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费? 已经有109人回复
求助食品检验工（基础知识），中国劳动社会出版社电子版已经有5人回复
胶体几丁质的结晶度？已经有0人回复
诚挚招收全日制博士！！！中国农业科学院麻类研究所谭志坚研究员课题组招收博士已经有2人回复
三甲基羟乙基丙二胺的合成路线已经有5人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

想请教我基因组测序中在ncbi中完整的一个基因在这里变成了两个小的基因，怎么回事？已经有8人回复
请教，转录组测序与基因组测序结果分析已经有4人回复
转录组测序后的序列在NCBI上BLAST后遇到的一些问题，求解答已经有5人回复
转录组测序还是基因组测序？已经有6人回复
生物信息学专题－生物版，医学版和信息科学版共同创建已经有87人回复

1楼2014-08-03 11:10:30

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

liyf_1987

新虫 (小有名气)

应助: 3 (幼儿园)
金币: 1603.6
散金: 50
帖子: 238
在线: 92.4小时
虫号: 1226668
注册: 2011-03-09
专业: 人类遗传学

【答案】应助回帖

★ ★ ★
园园补补(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-08-10 10:50:55

需要查看原始数据后才能做出判断。可能原因：
1、测序质量过低。高通量测序大约会有一定比例测序的lane整个失败，但比例很低。如果遇到不懂的人当然就直接把低质量的一起比对再说啦。
2、样本污染。这个就像楼上说的，blast一下。如果楼主不会生物信息，就挑选个20多条看看，注意随机挑选，不要光看前面的，前面的read一般质量都稍差一点哦。但是发现是样本污染，责任就不好界定啦。以我们实验室的经验，很多可能还真是自己不小心。因为有时候污染的样本我通过信息分析后确定了是其它样本污染，所谓的其它样本都没送给公司。
3、大规模变异？不知道你的菌种，NCBI上的reference一般不会和你的一模一样，万一100个bp中有5个变异，你就比对不上啦。测序质量稍微低点，100个bp中有2-3个变异也比不上啊。
综上觉得，一个实验室还是需要真正懂信息分析的人。见过很多实验室生物信息的人，发现完全令人觉得生物信息人员原来可以这么水。