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横刀

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何向溶剂盒子中加溶质分子 已有1人参与

想进行CO2-夹带剂体系在一定温度、压力条件下的分子动力学模拟。想先建好含1000个CO2分子的盒子，构型优化后跑NPT，然后将夹带剂分子加到盒子中再跑NVT。但在跑完NPT后，将夹带剂分子复制粘贴到盒子中时出现如下提示。请问各位高手，这是不是说不能用这种方法将夹带剂分子加入到盒子中？应该怎样加进去呢？
Changes to the document have invalidated the connected trajectory.

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如何向溶剂盒子中加溶质分子
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1楼 2015-05-13 16:09:16
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
横刀: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-05-14 22:07:50
楼主，你跑完NVT之后，你的分子就是xtd文件了，它里面包含了很多个分子构象，而复制粘贴只允许一个构象，这就是错误提示你不能复制的原因。
正确的方法，新建一个xsd文件，把溶质分子NVT的最后一帧（最后一个构象）复制到该xsd文件，这时候你再复制粘贴到你的溶剂中，试试吧
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2015-05-14 16:57:40
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横刀

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 赵红霞 at 2015-05-14 16:57:40
楼主，你跑完NVT之后，你的分子就是xtd文件了，它里面包含了很多个分子构象，而复制粘贴只允许一个构象，这就是错误提示你不能复制的原因。
正确的方法，新建一个xsd文件，把溶质分子NVT的最后一帧（最后一个构象） ...

恩，可以了，多谢
还想再请教一下，溶剂和溶质分子有重叠的部分怎么办呢？怎么把重叠部分去掉呢？
赞一下 回复此楼
3楼2015-05-14 22:15:15
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 横刀 at 2015-05-14 22:15:15
恩，可以了，多谢
还想再请教一下，溶剂和溶质分子有重叠的部分怎么办呢？怎么把重叠部分去掉呢？...

优化一下看看是否还重叠
赞一下 回复此楼
4楼2015-05-15 08:46:54
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