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fang8232335银虫 (初入文坛)
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[交流]
全基因组测序 已有4人参与
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新手，自己工科出身，但现在老板让弄分子生物学，测一个细菌的全基因组 。现在拼接好的序列已经有了，想问下，我现在想查下这个全基因组序列里有没有我想要的基因或蛋白质序列要怎么操作哇（比如我知道这个菌有农药的降解效果，降解酶的蛋白质序列已经有了，现在想拿我测的基因组序列跟这个进行比对，看是不是有这个序列，以及确定这个序列的位置），谢谢大家了！自己用NCBI上blast怎么也用不好 |
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growlywolf
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2楼2015-05-10 10:54:24
fang8232335
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我后来又找到了那个基因的序列，然后用BioEdit 进行本地blast，得到下面的数据，这是代表有还是没有哇，感觉都是片段匹配，是什么意思哇？ BLASTN 2.2.10 [Oct-19-2004] Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Query= gi|148712|gb|M29593.1|FVBOPD Flavobacterium sp. parathion hydrolase gene, complete cds (1693 letters) Database: D:\BioEdit\database\X1-01.fas 1 sequences; 2,450,153 total letters Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value X1-01.seq 34 0.21 >X1-01.seq Length = 2450153 Score = 34.2 bits (17), Expect = 0.21 Identities = 17/17 (100%) Strand = Plus / Minus Query: 466 tctgctcggcggcctgg 482 ||||||||||||||||| Sbjct: 894223 tctgctcggcggcctgg 894207 Score = 34.2 bits (17), Expect = 0.21 Identities = 17/17 (100%) Strand = Plus / Plus Query: 986 gccagcttggccaccgg 1002 ||||||||||||||||| Sbjct: 659980 gccagcttggccaccgg 659996 Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83 Identities = 16/16 (100%) Strand = Plus / Minus Query: 83 ggcttgccagcagccg 98 |||||||||||||||| Sbjct: 1669234 ggcttgccagcagccg 1669219 Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83 Identities = 16/16 (100%) Strand = Plus / Plus Query: 449 gcggccgccgcaggaa 464 |||||||||||||||| Sbjct: 1562756 gcggccgccgcaggaa 1562771 Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83 Identities = 16/16 (100%) Strand = Plus / Minus Query: 860 cagttcttcctgcgtg 875 |||||||||||||||| Sbjct: 699001 cagttcttcctgcgtg 698986 Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83 Identities = 16/16 (100%) Strand = Plus / Plus Query: 486 ggtgcgcgagcgtggc 501 |||||||||||||||| Sbjct: 393049 ggtgcgcgagcgtggc 393064 Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83 Identities = 19/20 (95%) Strand = Plus / Minus Query: 467 ctgctcggcggcctggctgg 486 ||||||||||||||| |||| Sbjct: 25911 ctgctcggcggcctgactgg 25892 Database: D:\BioEdit\database\X1-01.fas Posted date: May 10, 2015 1:46 PM Number of letters in database: 2,450,153 Number of sequences in database: 1 Lambda K H 1.37 0.711 1.31 Gapped Lambda K H 1.37 0.711 1.31 Matrix: blastn matrix:1 -3 Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2 Number of Hits to DB: 3969 Number of Sequences: 1 Number of extensions: 3969 Number of successful extensions: 7 Number of sequences better than 1.0: 1 Number of HSP's better than 1.0 without gapping: 1 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0 Number of HSP's gapped (non-prelim): 7 length of query: 1693 length of database: 2,450,153 effective HSP length: 16 effective length of query: 1677 effective length of database: 2,450,137 effective search space: 4108879749 effective search space used: 4108879749 T: 0 A: 0 X1: 11 (21.8 bits) X2: 15 (29.7 bits) S1: 12 (24.3 bits) S2: 16 (32.2 bits) |
3楼2015-05-10 16:19:29
nanhu1984
银虫 (正式写手)
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4楼2015-05-12 11:24:31
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5楼2015-05-12 20:19:36
6楼2015-06-02 12:08:54
100