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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 全基因组测序
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fang8232335

银虫 (初入文坛)

[交流] 全基因组测序 已有4人参与

新手，自己工科出身，但现在老板让弄分子生物学，测一个细菌的全基因组。现在拼接好的序列已经有了，想问下，我现在想查下这个全基因组序列里有没有我想要的基因或蛋白质序列要怎么操作哇（比如我知道这个菌有农药的降解效果，降解酶的蛋白质序列已经有了，现在想拿我测的基因组序列跟这个进行比对，看是不是有这个序列，以及确定这个序列的位置），谢谢大家了！自己用NCBI上blast怎么也用不好
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1楼 2015-05-10 10:44:25
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nanhu1984

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
最好选择BlastP或者BlastX，这样获得的结果更多，灵敏度更高
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https://www.microbialgenomic.cn/
4楼2015-05-12 11:24:31
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growlywolf

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
用基因组序列建立本地blast数据库，以蛋白序列为query做本地tblast

[ 发自小木虫客户端 ]
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2楼2015-05-10 10:54:24
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fang8232335

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by growlywolf at 2015-05-10 10:54:24
用基因组序列建立本地blast数据库，以蛋白序列为query做本地tblast

我后来又找到了那个基因的序列，然后用BioEdit 进行本地blast，得到下面的数据，这是代表有还是没有哇，感觉都是片段匹配，是什么意思哇？
BLASTN 2.2.10 [Oct-19-2004]


Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.

Query= gi|148712|gb|M29593.1|FVBOPD Flavobacterium sp. parathion
hydrolase gene, complete cds
         (1693 letters)

Database: D:\BioEdit\database\X1-01.fas
           1 sequences; 2,450,153 total letters



                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

X1-01.seq                                                              34   0.21

>X1-01.seq
          Length = 2450153

Score = 34.2 bits (17), Expect = 0.21
Identities = 17/17 (100%)
Strand = Plus / Minus

                              
Query: 466    tctgctcggcggcctgg 482
              |||||||||||||||||
Sbjct: 894223 tctgctcggcggcctgg 894207



Score = 34.2 bits (17), Expect = 0.21
Identities = 17/17 (100%)
Strand = Plus / Plus

                              
Query: 986    gccagcttggccaccgg 1002
              |||||||||||||||||
Sbjct: 659980 gccagcttggccaccgg 659996



Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83
Identities = 16/16 (100%)
Strand = Plus / Minus

                              
Query: 83      ggcttgccagcagccg 98
               ||||||||||||||||
Sbjct: 1669234 ggcttgccagcagccg 1669219



Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83
Identities = 16/16 (100%)
Strand = Plus / Plus

                              
Query: 449     gcggccgccgcaggaa 464
               ||||||||||||||||
Sbjct: 1562756 gcggccgccgcaggaa 1562771



Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83
Identities = 16/16 (100%)
Strand = Plus / Minus

                              
Query: 860    cagttcttcctgcgtg 875
              ||||||||||||||||
Sbjct: 699001 cagttcttcctgcgtg 698986



Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83
Identities = 16/16 (100%)
Strand = Plus / Plus

                              
Query: 486    ggtgcgcgagcgtggc 501
              ||||||||||||||||
Sbjct: 393049 ggtgcgcgagcgtggc 393064



Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83
Identities = 19/20 (95%)
Strand = Plus / Minus

                                 
Query: 467   ctgctcggcggcctggctgg 486
             ||||||||||||||| ||||
Sbjct: 25911 ctgctcggcggcctgactgg 25892


  Database: D:\BioEdit\database\X1-01.fas
    Posted date:  May 10, 2015  1:46 PM
  Number of letters in database: 2,450,153
  Number of sequences in database:  1
  
Lambda     K      H
    1.37    0.711     1.31

Gapped
Lambda     K      H
    1.37    0.711     1.31


Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 3969
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 3969
Number of successful extensions: 7
Number of sequences better than  1.0: 1
Number of HSP's better than  1.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 7
length of query: 1693
length of database: 2,450,153
effective HSP length: 16
effective length of query: 1677
effective length of database: 2,450,137
effective search space: 4108879749
effective search space used: 4108879749
T: 0
A: 0
X1: 11 (21.8 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 16 (32.2 bits)
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3楼2015-05-10 16:19:29
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王志云006

新虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
5楼2015-05-12 20:19:36
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