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cauTmac

铜虫 (初入文坛)

[求助] 系统发育相关问题 已有1人参与

如图,以线粒体基因组的PCG核酸序列为data,分别用ML和BI法进行分析,BI结果树的置信值高(图上没有体现出来但是每个节点处置信值均在0.9以上),但是ML方法置信值很低。所以后面用ProtTest计算出每一个PCG蛋白序列的最佳模型,用线粒体基因组的蛋白序列再作为data用ML法分析,结果出现了图3的长枝吸引现象。想请教一下各位大神,首先,我前面用PCG核酸序列建树,ML置信值低,有什么好办法解决没?然后就是用PCG蛋白序列建树出现这种长枝吸引的话有没有什么好办法解决?

系统发育相关问题
BI.jpg


系统发育相关问题-1
ML.jpg


系统发育相关问题-2
P-ML.jpg
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biozhajie

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by cauTmac at 2015-05-08 08:53:15
我是不纠结。审稿的人很纠结啊。纠结到完全投不出去...

那是比较讨厌,不过也是好事。关于你那个长枝吸引的问题我想请问你数据中有基因重组子吗,有的话可能会影响构树结果,如果没有,你这个数据大吗,不大的话你换替换模型试试,会不会好点。
4楼2015-05-08 14:21:50
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biozhajie

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
也许增加序列长度可以改善ML置信值以及长枝吸引,还有为什么要纠结,既然核酸序列的BI树支持度高,就选它作为进化关系的参考吧。一家之言,请指教,呵呵。
2楼2015-05-07 20:08:11
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cauTmac

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by biozhajie at 2015-05-07 20:08:11
也许增加序列长度可以改善ML置信值以及长枝吸引,还有为什么要纠结,既然核酸序列的BI树支持度高,就选它作为进化关系的参考吧。一家之言,请指教,呵呵。

我是不纠结。审稿的人很纠结啊。纠结到完全投不出去
3楼2015-05-08 08:53:15
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