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cauTmac

铜虫 (初入文坛)

[求助] 系统发育相关问题 已有1人参与

如图，以线粒体基因组的PCG核酸序列为data，分别用ML和BI法进行分析，BI结果树的置信值高（图上没有体现出来但是每个节点处置信值均在0.9以上），但是ML方法置信值很低。所以后面用ProtTest计算出每一个PCG蛋白序列的最佳模型，用线粒体基因组的蛋白序列再作为data用ML法分析，结果出现了图3的长枝吸引现象。想请教一下各位大神，首先，我前面用PCG核酸序列建树，ML置信值低，有什么好办法解决没？然后就是用PCG蛋白序列建树出现这种长枝吸引的话有没有什么好办法解决？

系统发育相关问题
BI.jpg


系统发育相关问题-1
ML.jpg


系统发育相关问题-2
P-ML.jpg
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1楼 2015-05-06 22:26:04
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cauTmac

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by biozhajie at 2015-05-07 20:08:11
也许增加序列长度可以改善ML置信值以及长枝吸引，还有为什么要纠结，既然核酸序列的BI树支持度高，就选它作为进化关系的参考吧。一家之言，请指教，呵呵。

我是不纠结。审稿的人很纠结啊。纠结到完全投不出去
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3楼2015-05-08 08:53:15
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biozhajie

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
也许增加序列长度可以改善ML置信值以及长枝吸引，还有为什么要纠结，既然核酸序列的BI树支持度高，就选它作为进化关系的参考吧。一家之言，请指教，呵呵。
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2楼2015-05-07 20:08:11
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biozhajie

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cauTmac at 2015-05-08 08:53:15
我是不纠结。审稿的人很纠结啊。纠结到完全投不出去...

那是比较讨厌，不过也是好事。关于你那个长枝吸引的问题我想请问你数据中有基因重组子吗，有的话可能会影响构树结果，如果没有，你这个数据大吗，不大的话你换替换模型试试，会不会好点。
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4楼2015-05-08 14:21:50
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