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如图，以线粒体基因组的PCG核酸序列为data，分别用ML和BI法进行分析，BI结果树的置信值高（图上没有体现出来但是每个节点处置信值均在0.9以上），但是ML方法置信值很低。所以后面用ProtTest计算出每一个PCG蛋白序列的最佳模型，用线粒体基因组的蛋白序列再作为data用ML法分析，结果出现了图3的长枝吸引现象。想请教一下各位大神，首先，我前面用PCG核酸序列建树，ML置信值低，有什么好办法解决没？然后就是用PCG蛋白序列建树出现这种长枝吸引的话有没有什么好办法解决？ BI.jpg  ML.jpg  P-ML.jpg |
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