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惊叹号

金虫 (正式写手)

[求助] 怎么查询一个基因的特异性序列 已有1人参与

请教各位,如何查询一个基因的特异性序列,对于有较多亚型的基因,如何设计特异性引物?
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yingheqian

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
惊叹号: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-04-30 20:18:49
Blast啊,你在NCBI上比对,比对不到同源序列的地方就是特异性序列了
2楼2015-04-30 20:15:23
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惊叹号

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yingheqian at 2015-04-30 20:15:23
Blast啊,你在NCBI上比对,比对不到同源序列的地方就是特异性序列了

问题是HLA亚型太多,没办法一一比对啊,还有其它什么方法不?
3楼2015-04-30 20:19:32
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yingheqian

金虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 惊叹号 at 2015-04-30 20:19:32
问题是HLA亚型太多,没办法一一比对啊,还有其它什么方法不?...

没有特别好的方法啊,你可以尝试先比对,如果实在困难,至少要保证2条引物不能在某个其他亚型的序列中完全一致。比如R引物在A亚型中完全匹配的话,F引物一定不能在A亚型中能够匹配。
4楼2015-04-30 20:32:20
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