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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 怎么查询一个基因的特异性序列
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惊叹号

金虫 (正式写手)

[求助] 怎么查询一个基因的特异性序列已有1人参与

请教各位，如何查询一个基因的特异性序列，对于有较多亚型的基因，如何设计特异性引物？
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1楼2015-04-30 17:34:19
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yingheqian

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
惊叹号: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-04-30 20:18:49
Blast啊，你在NCBI上比对，比对不到同源序列的地方就是特异性序列了
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2楼2015-04-30 20:15:23
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惊叹号

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yingheqian at 2015-04-30 20:15:23
Blast啊，你在NCBI上比对，比对不到同源序列的地方就是特异性序列了

问题是HLA亚型太多，没办法一一比对啊，还有其它什么方法不？
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3楼2015-04-30 20:19:32
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yingheqian

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 惊叹号 at 2015-04-30 20:19:32
问题是HLA亚型太多，没办法一一比对啊，还有其它什么方法不？...

没有特别好的方法啊，你可以尝试先比对，如果实在困难，至少要保证2条引物不能在某个其他亚型的序列中完全一致。比如R引物在A亚型中完全匹配的话，F引物一定不能在A亚型中能够匹配。
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4楼2015-04-30 20:32:20
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