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尼尔墨客

铜虫 (小有名气)

[交流] 基因序列

如果一种植物没有研究过，任何没有任何序列报道，是不是只能依靠模式植物同源测序？

cexu

[ Last edited by 尼尔墨客 on 2013-8-31 at 03:35 ]
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1楼 2013-07-31 11:40:13
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尼尔墨客

铜虫 (小有名气)
没有人嘛
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2楼2013-08-04 15:45:53
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bullfrog325

木虫 (正式写手)
★ ★
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尼尔墨客: 金币+1 2013-08-04 20:50:58
楼主你确认要这样做这个项目?
楼主的思路是对的, 但是在没有任何前期研究i和序列信息的情况下做分子机制很难很难
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3楼2013-08-04 17:59:51
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尼尔墨客

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by bullfrog325 at 2013-08-04 17:59:51
楼主你确认要这样做这个项目?
楼主的思路是对的, 但是在没有任何前期研究i和序列信息的情况下做分子机制很难很难

没确定，就是在想计划，因为这方面很不懂，方向是研究植物发育方面信号转导，又不知道该怎么深入做下去
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4楼2013-08-04 20:54:56
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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尼尔墨客: 金币+9, 哇你好厉害 金币全给你了 但是我太菜了看不太懂 2013-08-05 22:24:18
研究方法很多了，你可以从信号途径中的蛋白质入手，其中末端蛋白质可以指向是不是该信号途径是通过基因表达调控发挥作用的，实际研究时可以末端蛋白质出发往前找。基本研究方法是DNAProtein interaction,Protein-Protein
interaction，基因或者蛋白质的功能四个方面的研究方法。

一、确定一个未知基因的功能的实验方法有很多，比如：基因敲除，酵母双杂交，定点突变，基因过表达，噬菌体展示等。
另外如果已知该GENE(如果它编码蛋白质的话)的表达出的蛋白质的一级结构和三维结构已经获得,比如用X-RAY衍射或NMR等测定,再利用TOP3D查询本地PDB库,以及查询DALI数据库,去找出较为相似的结构或同源蛋白质可推测未知蛋白质的功能。如果找不到相似的结构或同源蛋白质，而且所研究的GENE编码的蛋白质的一级结构和三维结构，那么你就应从其局部结构入手，看其有关的domain,motif有哪些？然后去查阅有关的domain,motif的可能功能，再去比较一下有这些domain,motif的蛋白质的功能有哪些？还可比较与你的新蛋白质的空间结构相似的以知蛋白质（两者一级结构可有较大不同）的功能有哪些？可用免疫检测。完全避开从GENE EXPRESSION角度去确定一个未知PROTEIN的功能，这在目前不大可能，别的不说，即使从蛋白质的一级序列用生物信息学和理论生物物理学方法推出二级结构都不是很准（无论具体用何种算法），从蛋白质的三维结构预测其功能，即使有同源蛋白质也很不容易，而且只不过是猜测，没有实验证据证明都不可信！完全从生物信息学的手段获得功能信息，可能根本无实际价值。当然做些猜测，可用上面的思路。最终要考第一段的实研方法。
基因的异位表达或者过表达也是有效的研究基因的功能的试验方法，比如2006年iPS cell的长生就是使用了基因的异位表达或者过表达方法。

二、信号转导末端靶蛋白的主要类型及其发挥作用的方式包括：
1.代谢酶，影响细胞代谢；2.基因表达调控蛋白：激活或抑制基因表达：3.细胞骨架蛋白：改变细胞形状和运动。
    ------参见：翟中和、王喜忠、丁明孝 主编，细胞生物学，高教出版社，2011年，第四版，第162页，图9-7.原图是说明细胞表面受体介导的细胞信号传导系统的组成。
       实际上还有如NO,CO气体信号分子直接透过细胞膜与胞内受体相互作用的信号传导途径和甾族分子、维生素D、维甲酸等亲脂分子，透过细胞质膜与核膜与细胞核内受体结合而调控基因表达。
      但是NO,CO气体信号分子直接透过细胞膜与胞内受体相互作用的信号传导途径的信号转导末端靶蛋白也是代谢酶，甾族分子、维生素D、维甲酸等亲脂分子，透过细胞质膜与核膜与细胞核内受体结合而调控基因表达的信号转导末端靶蛋白也是基因表达调控蛋白，所以“信号转导末端靶蛋白的主要类型及其发挥作用的方式包括：1.代谢酶，影响细胞代谢；2.基因表达调控蛋白：激活或抑制基因表达：3.细胞骨架蛋白：改变细胞形状和运动”，仍然成立！
信号通路远不止三种，细胞信号传导系统的细胞表面的介导受体的就包括：离子通道偶联受体、G蛋白偶联受体和酶联受体三种，至于转录因子属于细胞信号通路的末端蛋白质之一的基因表达调控蛋白，但是.基因表达调控蛋白不只限于转录因子。
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5楼2013-08-05 00:32:52
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4226667

这贴楼主参考一下吧，具体我们可以继续讨论。
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6楼2013-08-05 00:36:37
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
如果是小分子与蛋白质相互作用，最简单的一种方法是用离体的可能的蛋白质分别与特异性小分子相互作用，用红外、CD、紫外光谱检测蛋白质的空间结构发生变化而产生的光谱变化。选择可能的蛋白质时首先从该蛋白质的细胞定位和可能的生物功能筛选。
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7楼2013-08-06 00:22:24
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
当然，小分子-蛋白质相互作用可以用分子对接预测软件、蛋白质-蛋白质相互作用可以用protein-protein interaction computational analysis software，不过也可以不搞那么复杂，而且生物信息学软件有时误差也是比较大的。蛋白质-蛋白质相互作用就用最普通的Pull down,免疫共沉淀技术就行，事先可以用红外、CD、紫外光谱检测蛋白质-蛋白质相互作用时的空间结构发生变化而产生的光谱变化，并且选择可能的蛋白质时首先从该蛋白质的细胞定位和可能的生物功能筛选。可以从初始接受信号分子的蛋白质开始钓取其紧邻的下游蛋白质，也可以从末端蛋白质往上游钓取。
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8楼2013-08-06 00:33:54
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
建立信号传导途径时参考已有的信号传导途径。
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9楼2013-08-06 00:35:25
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