| 查看: 1434 | 回复: 5 | ||||
[求助]
求助使用lammps进行粗粒化模拟的要点 已有1人参与
|
| 刚接触lammps不久，课题需要用lammps进行粗粒化模拟，自己看了mannual很久，对pair_style以及力场的设置不是很了解，想麻烦有了解的虫友能够提供一些指导，也可以交流，如果能有一些资源提供就更好了，不胜感激。 |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
这样的filecode谁见过
已经有7人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有5人回复
-
国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 如何利用lammps做粗粒化
已经有16人回复
- lammps 势能问题
已经有9人回复
- LAMMPS中金属氧化物的势能
已经有29人回复
- MS粗粒化模型如何导入lammps
已经有10人回复
- 粗粒化模型问题
已经有5人回复
- lammps的in文件错误求助
已经有6人回复
- 求助LAMMPS两次运算结果不一致问题！
已经有11人回复
- 粗粒化模拟求助
已经有6人回复
- 求助：lammps非周期边界
已经有22人回复
- 请问gromacs导入EAM势能函数的问题和lammps导入martini粗粒化力场的问题
已经有4人回复
- 用lammps做分子动力学新手求助
已经有6人回复
- 求质心，粗粒化后的参数获取
已经有10人回复
- 经过MS模型导入到LAMMPS，在运算时出现的错误求助
已经有22人回复
- Gromacs粗粒化力场（自己写）
已经有11人回复
- 求助LAMMPS关于MSD计算的问题
已经有17人回复
- 刚开始学习LAMMPS，求助关于lattice的设置
已经有7人回复
- 求助各位前辈帮我看看安装并行安装LAMMPS中的问题
已经有5人回复
- 【求助】LAMMPS-运行报错
已经有9人回复
- 【求助】LAMMPS、NAMD和CHARMM谁最适合生物大分子模拟？
已经有8人回复
- 【求助】lammps中多元化合物的晶格创建问题
已经有14人回复
- 【求助】将MS数据文件转化成lammps data
已经有25人回复
- 【求助】MS建模导入lammps问题求救
已经有14人回复
abinitio
版主 (著名写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 221 (大学生)
- 贵宾: 0.093
- 金币: 7365.2
- 散金: 3917
- 红花: 57
- 帖子: 1317
- 在线: 485.2小时
- 虫号: 368545
- 注册: 2007-05-11
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
- 管辖: 分子模拟
2楼2015-04-23 09:17:36
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 5866.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1541
- 在线: 701.3小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
3楼2015-04-23 09:18:10
4楼2015-04-23 14:02:25
5楼2015-04-23 14:03:27
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Y224365: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-04-24 21:36:35
感谢参与，应助指数 +1
Y224365: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-04-24 21:36:35
|
请仔细搜索阅读本版内关于粗粒化的一些回帖，比如这个 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8450437 粗粒化只是一种力场，粗粒化力场参数的获取大多都是通过其他方式计算和拟合得到的，LAMMPS能做的不是获得力场参数，而是用已知力场参数进行模拟。 粗粒化力场很多，很多都是针对不同的需要的，你应该根据自己体系的需要，选择合适的粗粒化力场。比较有名的，像MARTINI，都是要额外的程序才能获得这些参数的：http://md.chem.rug.nl/cgmartini/index.php/downloads 又如DPD，DPD参数的获得也有它自己的一套方法，一般是通过Flory-Huggins参数来获得，具体怎么获得自己看文献。 又如水分子，有很多文章是拟合粗粒化水分子的力场的。 |
6楼2015-04-23 15:02:52
20