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zixun2013

新虫 (初入文坛)

[求助] autodock4.2蛋白的处理问题

求助：使用autodock进行蛋白与配体的对接，蛋白为病毒的衣壳蛋白，PDB中已知其VP3序列，我能否将从PDB数据库直接下载的pdb文件用于对接？
查了一些资料，看的云里雾里的，说是直接下载的PDB文件多半不合要求，要进行电荷、残基等方面的更改，这里我就不知道要怎样处理了，怎样看它合不合要求呢？谢谢
另外，有文献报道是将这个VP3序列用Oligomer Generator形成聚合物，再对其进行修饰后用于对接，但没有具体过程，不知道怎样修饰，不知有没有做过类似对接的，求助啊，不胜感激，摸索了好几个月了，一点进展都没有……
谢谢大家了！！！
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1楼 2015-04-22 21:31:05
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