24小时热门版块排行榜    

查看: 2917  |  回复: 5

hanxuan8912

新虫 (小有名气)

[求助] 请问如何用Autodock 4处理蛋白中的金属离子 已有2人参与

在蛋白中有Zn离子,在活性中心,对接时要考虑金属原子与配体的作用,应该如何改脚本呢?还有钙离子,铁离子,锰离子!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

因为梦想所以选择远方,因为孤独,所以选择坚强:没有比人更高的山没有比较更长的路,梦想与现实总有接壤的地方!
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

s1g2k3

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-09 15:58:49
转化成AD4型的原子就行吧,可以先拿标准物对照下,别人发的paper上应该有做好的对接,你也自己尝试下看看结果是不是一样,
知识总是多的学不完,但是真的艺不压身。
2楼2013-11-09 10:36:51
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanxuan8912

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by s1g2k3 at 2013-11-09 10:36:51
转化成AD4型的原子就行吧,可以先拿标准物对照下,别人发的paper上应该有做好的对接,你也自己尝试下看看结果是不是一样,

但是像Zn之类的原子是不是还要重新定义呀?怎么定义呢?
因为梦想所以选择远方,因为孤独,所以选择坚强:没有比人更高的山没有比较更长的路,梦想与现实总有接壤的地方!
3楼2013-11-09 15:17:12
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-11-10 08:44:49
主要是在adt原文件添加金属离子的相关参数,然后修改gpf、glg文件就可以对接了
4楼2013-11-09 19:23:36
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (小有名气)

本帖仅楼主可见
5楼2014-11-06 09:36:09
已阅   申请模拟EPI   编辑   查看我的主页

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 宝马bm at 2014-11-06 09:36:09
这参数是指元素类型,电荷么?听别人说还得有well depth参数,但我还没解决...

不只是电荷,还包括其他元素信息,主要添加在adt-pameter里面
6楼2014-11-07 11:31:16
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hanxuan8912 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +16 基诺咪客 2026-08-17 20/1000 2026-08-20 12:44 by 201120518022
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +16 Ldrop2023 2026-08-13 20/1000 2026-08-20 11:07 by xskun
[基金申请] 言之凿凿,8月21号(明天)放榜 +12 医学老男孩 2026-08-20 14/700 2026-08-20 10:53 by ran2233
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +14 kkkl_v 2026-08-19 15/750 2026-08-20 08:21 by sunzitan
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低?主要原因有哪些? +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +4 yuleib84 2026-08-19 5/250 2026-08-19 19:52 by hhs666
[基金申请] 今天放榜吗? +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +10 wangze12014 2026-08-14 12/600 2026-08-19 16:56 by 苦难博士
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 什么时候开奖? +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
信息提示
请填处理意见