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hanxuan8912

新虫 (小有名气)

[求助] 请问如何用Autodock 4处理蛋白中的金属离子 已有2人参与

在蛋白中有Zn离子,在活性中心,对接时要考虑金属原子与配体的作用,应该如何改脚本呢?还有钙离子,铁离子,锰离子!
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因为梦想所以选择远方,因为孤独,所以选择坚强:没有比人更高的山没有比较更长的路,梦想与现实总有接壤的地方!
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s1g2k3

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-09 15:58:49
转化成AD4型的原子就行吧,可以先拿标准物对照下,别人发的paper上应该有做好的对接,你也自己尝试下看看结果是不是一样,
知识总是多的学不完,但是真的艺不压身。
2楼2013-11-09 10:36:51
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hanxuan8912

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by s1g2k3 at 2013-11-09 10:36:51
转化成AD4型的原子就行吧,可以先拿标准物对照下,别人发的paper上应该有做好的对接,你也自己尝试下看看结果是不是一样,

但是像Zn之类的原子是不是还要重新定义呀?怎么定义呢?
因为梦想所以选择远方,因为孤独,所以选择坚强:没有比人更高的山没有比较更长的路,梦想与现实总有接壤的地方!
3楼2013-11-09 15:17:12
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pymol

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【答案】应助回帖

★ ★
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月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-11-10 08:44:49
主要是在adt原文件添加金属离子的相关参数,然后修改gpf、glg文件就可以对接了
4楼2013-11-09 19:23:36
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匿名

用户注销 (小有名气)

本帖仅楼主可见
5楼2014-11-06 09:36:09
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pymol

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【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 宝马bm at 2014-11-06 09:36:09
这参数是指元素类型,电荷么?听别人说还得有well depth参数,但我还没解决...

不只是电荷,还包括其他元素信息,主要添加在adt-pameter里面
6楼2014-11-07 11:31:16
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