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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock 无法识别氯 ？
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工大新生

银虫 (正式写手)

[求助] Autodock 无法识别氯 ？

在将小分子与蛋白对接的时候，发现原先小分子在苯环上的cl 原子直接变成H原子了，请问是Autodock 无法识别的原因吗？ 小分子的pdbqt 文件上显示的是有cl 的，如何解决这个问题呢？
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1楼 2013-09-10 18:33:04
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果有杂原子的话，最好增加杂原子的相关参数！
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2楼2013-09-10 19:13:08
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工大新生

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-09-10 19:13:08
如果有杂原子的话，最好增加杂原子的相关参数！

cl 原子在对接后的pdb 文件里用文本文档是可以打开看到的，但是用Gauss打开对接后的文件就看不见
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3楼2013-09-10 19:17:38
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工大新生

银虫 (正式写手)
有点类似于这个帖子的http://muchong.com/html/200804/779628.html，但是她说的我没有听懂
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4楼2013-09-10 19:22:18
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shadow004

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
工大新生: 金币+15, ★★★很有帮助 2013-09-11 18:13:04
本帖内容被屏蔽
5楼2013-09-11 11:22:28
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工大新生

银虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by shadow004 at 2013-09-11 11:22:28
生成pdb的软件有问题，建议用一个可以识别cl的软件打开，重新保存一次，格式是mol2，或pdb。我用过的gussianview 保存的是可以识别的。

我用的也是 Gauss view
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6楼2013-09-11 18:02:18
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工大新生

银虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by shadow004 at 2013-09-11 11:22:28
生成pdb的软件有问题，建议用一个可以识别cl的软件打开，重新保存一次，格式是mol2，或pdb。我用过的gussianview 保存的是可以识别的。

pdb 格式的
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7楼2013-09-11 18:02:26
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工大新生

银虫 (正式写手)
此问题已经自己解决，供后来者参考： 用记事本打开pdb文件，找到cl 的坐标，将 cl 前面的空格删除即可显示
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8楼2013-09-23 16:20:04
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