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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock 无法识别氯 ？
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工大新生

银虫 (正式写手)

[求助] Autodock 无法识别氯 ？

在将小分子与蛋白对接的时候，发现原先小分子在苯环上的cl 原子直接变成H原子了，请问是Autodock 无法识别的原因吗？ 小分子的pdbqt 文件上显示的是有cl 的，如何解决这个问题呢？
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1楼2013-09-10 18:33:04
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shadow004

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
工大新生: 金币+15, ★★★很有帮助 2013-09-11 18:13:04
本帖内容被屏蔽
5楼2013-09-11 11:22:28
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果有杂原子的话，最好增加杂原子的相关参数！
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2楼2013-09-10 19:13:08
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工大新生

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-09-10 19:13:08
如果有杂原子的话，最好增加杂原子的相关参数！

cl 原子在对接后的pdb 文件里用文本文档是可以打开看到的，但是用Gauss打开对接后的文件就看不见
赞一下 回复此楼
3楼2013-09-10 19:17:38
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工大新生

银虫 (正式写手)
有点类似于这个帖子的http://muchong.com/html/200804/779628.html，但是她说的我没有听懂
赞一下 回复此楼
4楼2013-09-10 19:22:18
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