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工大新生

银虫 (正式写手)

[求助] Autodock 无法识别氯 ?

在将小分子与蛋白对接的时候,发现原先小分子在苯环上的cl 原子直接变成H原子了,请问是Autodock 无法识别的原因吗? 小分子的pdbqt 文件上显示的是有cl 的,如何解决这个问题呢?
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shadow004

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
工大新生: 金币+15, ★★★很有帮助 2013-09-11 18:13:04
本帖内容被屏蔽

5楼2013-09-11 11:22:28
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查看全部 8 个回答

longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
如果有杂原子的话,最好增加杂原子的相关参数!
2楼2013-09-10 19:13:08
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工大新生

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-09-10 19:13:08
如果有杂原子的话,最好增加杂原子的相关参数!

cl 原子在对接后的pdb 文件里用文本文档是可以打开看到的,但是用Gauss打开对接后的文件就看不见
3楼2013-09-10 19:17:38
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工大新生

银虫 (正式写手)

有点类似于这个帖子的http://muchong.com/html/200804/779628.html,但是她说的我没有听懂
4楼2013-09-10 19:22:18
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