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liaona

铜虫 (小有名气)

[求助] 细菌PCR总是点的有些样不出条带已有6人参与

提取土壤总DNA,利用细菌V6-V8区引物968F/1401R进行PCR扩增,点的样总是有那么几个不出条带,不清楚什么情况,有师姐说是我做PCR加样操作出问题,可是每次做8个,加样操作都是一样的啊,怎么就有些样p出来,有些没有出来呢。PCR25ul体系:上下游引物各1.5ul,2.5mM each dNTPs 2ul,10xPCR Buffer 2.5 ul,Taq聚合酶0.25ul,模板DNA 2 ul,无菌水 15.25 ul。PCR扩增条件:94 oC变性5min,接着20个循环(94 oC变性1 min,67 oC退火1 min,72 oC延伸1 min,每个循环退火温度降0.5 oC),接着 15个循环(94 oC变性1 min,57oC退火1 min,72 oC延伸1 min,每个循环退火温度降0.5 oC),最后再72 oC延伸10 min。

细菌PCR总是点的有些样不出条带
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引物浓度大模板浓度大,浓度高应该总会扩增出来吧,何况你也不是太大的,认为浓不是问题,引物的特异性还差不多,你也说了你的引物是针对总细菌的,所以不能说是及特异的,只是第一个原因吧。其次,普通Taq酶扩增能力是很强,扩增较快,但是它扩增效率不高啊,如果是检测有没有不考虑扩增特异性的话,使用普通的Taq酶,稍微高要求的实验建议使用热启动Taq聚合酶,更高要求的用高保真聚合酶(一般不建议使用)
todayisdifficult,tomorrowismoredifficult,butthedayaftertomorrowisbeautiful
8楼2015-03-17 09:04:23
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kuaile5420

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
模板是一样的土壤细菌吗?还有就是如果是 的话,在加模板之前是否混合均匀了?
坚持到底就是胜利!
2楼2015-03-16 18:02:47
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liaona

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by kuaile5420 at 2015-03-16 18:02:47
模板是一样的土壤细菌吗?还有就是如果是 的话,在加模板之前是否混合均匀了?

不是的哦!每个点样孔对应我试验处理,共8个土壤处理样品分别提取的DNA。
3楼2015-03-16 18:24:44
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沉默的独角兽

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
稀释一下DNA或者再纯化一下DNA,试试。
4楼2015-03-16 19:32:39
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