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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 两个基因相似度很高，如何分别做荧光定量？
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还重名啊

铜虫 (小有名气)

[求助] 两个基因相似度很高，如何分别做荧光定量？ 已有3人参与

两个基因CDS相似度很高，达92%，而且CDS的5端和3端基本一致，做RACE克隆UTR区域是不是也容易混淆，请问该如何设计荧光定量引物？使得这两个基因区分开？
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1楼 2015-02-04 18:56:34
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huangchj03

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
还重名啊(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-02-05 22:02:17
还重名啊: 金币+3 2015-02-07 13:01:06
那就根据他们之间的差异区域设计引物，保证引物3'端最顶端几个碱基是差异碱基，应该就行了。
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2楼2015-02-05 10:07:05
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781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
还重名啊(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-02-05 22:03:14
在那8%的非同源里设计引物，但就算设计出来了，成功率也很低。
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采菊东篱下，悠然见南山。
3楼2015-02-05 10:25:52
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还重名啊

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huangchj03 at 2015-02-05 10:07:05
那就根据他们之间的差异区域设计引物，保证引物3'端最顶端几个碱基是差异碱基，应该就行了。

是有几个差异碱基，但大部分一样，会不会互相互补呢？
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4楼2015-02-05 16:26:01
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huangchj03

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 还重名啊 at 2015-02-05 16:26:01
是有几个差异碱基，但大部分一样，会不会互相互补呢？...

我做过实验保证一个引物3'端最顶端几个碱基是差异碱基基本上没问题
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5楼2015-02-06 00:35:52
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bbbobo

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

商家已经主动声明此回帖可能含有宣传内容
感谢参与，应助指数 +1
改用探针法来做，在差异的序列上分别设计探针
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6楼2015-02-06 09:23:38
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maila
7楼2015-02-07 20:10:13
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
可以试下在UTR区设计，一般UTR区相似性要低于CDS区。
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8楼2015-02-08 15:23:30
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还重名啊

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by stone2239 at 2015-02-08 15:23:30
可以试下在UTR区设计，一般UTR区相似性要低于CDS区。

CDS很像 是不是克隆UTR也很难分开
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9楼2015-02-08 22:26:46
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 还重名啊 at 2015-02-08 22:26:46
CDS很像 是不是克隆UTR也很难分开...

哦，前面我理解可能有误，你现在基因的UTR区序列还是未知的，这样用RACE法克隆UTR是不容易分开，如果要做定量设计引物，那就按2、5楼的建议来吧。
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10楼2015-02-08 23:35:40
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