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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 提取土壤总DNA跑胶没条带 求助
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黄太帝

新虫 (正式写手)

[交流] 提取土壤总DNA跑胶没条带 求助 已有8人参与

最近在提取土壤DNA，提取些出来的DNA直接跑水平胶有条带，不过较暗
提取些出来的DNA经过PCR后却没有条带了，这是怎么回事，怎么改进呢？求赐教。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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做只快乐的小虫 快乐得学习
1楼 2015-01-12 19:39:32
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korchagin

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
也许是土壤中干扰物过多，酚氯仿那步多洗一次试试看
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2楼2015-01-13 08:26:16
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distant616

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
用试剂盒提取DNA吧，方便快捷提取效果好。Mobi0公司的，Power soil isolution kit.
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3楼2015-01-13 09:09:52
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫
★ ★ ★
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西门吹雪170: 2015-01-13 22:26:56
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-01-13 22:27:37
您好啊，水平胶有条带，但是暗，以为PCR之后能够得到较多的量，但是PCR之后却啥都没有，所以问题肯定出在你PCR的过程中啊。
PCR过程中出现问题，得不到条带，可以考虑一下几个方面：
①引物设计是否合理
②PCR时的反应体系，尤其是酶，普通Taq酶有错配（但不至于一点也扩不出来，可以换成热启动Taq酶 热启动Taq酶
③ 扩增前 模板是否已经降解
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todayisdifficult，tomorrowismoredifficult，butthedayaftertomorrowisbeautiful
4楼2015-01-13 09:42:48
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当时不再

银虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
很有可能是土壤中的杂质污染，如腐殖酸
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好好学习天天向上
5楼2015-01-13 11:52:55
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sdxlwxs

铁杆木虫 (职业作家)
★ ★
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-01-13 22:27:54
可能是PCR时候模板加多了吧，土壤基因组中一般会含有腐殖酸之类的干扰PCR的物质，所以一般提取后的DNA要稀释到10ng每微升左右，然后进行PCR。
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6楼2015-01-13 12:52:48
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微基生物

捐助贵宾 (小有名气)

技术专员
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
可能是一些腐殖酸干扰了PCR,也可能是扩增的问题。
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专注微生物多样性分析QQ2758452825
7楼2015-01-13 14:44:18
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DoRbIr

金虫 (正式写手)
★ ★
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-01-13 22:28:15
贴电泳图，让大家看看嘛。对了，你也可以在跑16S PCR的时候，用已知细菌的gDNA做模板，做个阳性对照嘛。阳性对照没跑出来就是体系和程序的问题了。
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8楼2015-01-13 15:43:46
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coolale

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
腐殖质，建议用试剂盒或者纯化。
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9楼2015-01-13 22:43:25
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