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陈彦利

铁虫 (小有名气)

[求助] 西红柿果肉RNA提取,降解严重 已有10人参与

第一次提RNA,最近提西红柿果肉RNA,降解很严重(见图)。西红柿果肉在液氮中不好研磨,所以我直接在裂解液里研磨的,大概2~3g西红柿加3 mTRNzol试剂研磨(样品量是不是大了?),用的是天根的TRNzol 总 RNA 提取试剂盒,电泳用1%琼脂糖电泳,90V,电泳20min。上样时,好几次都是样品都飘起来,沉不下去,是不是乙醇挥发不彻底?请老师们同学们帮忙分析一下。提了很多次都这样,快崩溃了...求过来人指导!

西红柿果肉RNA提取,降解严重
20141215_095059.jpg
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liyuecoool

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1.你的样品加入太多了,一般试剂盒只需要50mg-100mg样品即可,太多的话内源性的RNase太多,Trizol里的抑制剂抑制效果不完全。
2.你的电泳时间太久了,难免会分解严重。再次重复下试试,将电泳缓冲液TAE重新换制,电压调高(150V),时间缩短(10-15min),只要能区分去三条带即可。
3.确保提取过程中操作严格,保持空气不要流动,离心机全程4℃。
4.你说的上样时会飘起来?是不是没有用Loading Buffer染色?不会是酒精没挥发完全,可以测量纯度(OD260/230)来观察,有酒精残留时候会有乱峰,参考乙醇的峰型。
希望对你有用,祝你实验顺利。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

18楼2014-12-16 16:28:36
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chriscda

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

一般性地,建议你注意这些事项:1. TRIzol一般需要达到样品的10倍体积;2. 全程使用RNase-free的耗材、试剂(包括水)和新鲜的电泳缓冲液; 3. 在5-10分钟内完成电泳。
不过,具体到你的实验,我觉得不像是发生严重降解,或者说我没觉得有降解。可能是RNA载样过多,染料(可能你用的EB,其他的也差不多)被小分子量的RNA吸附得差不多了,大分子量的18S和28S就会变暗。发生降解是你会观察到各个条带分子量都有变小,跑出弥散的结果。
35楼2014-12-18 17:21:03
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普通回帖

陈彦利(金币+1): 谢谢参与


[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-12-15 15:51:43
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陈彦利(金币+1): 谢谢参与
3楼2014-12-15 15:55:44
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陈彦利(金币+1): 谢谢参与
4楼2014-12-15 15:58:09
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陈彦利(金币+1): 谢谢参与
5楼2014-12-15 16:16:50
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-12-15 18:09:10
不降解才怪,肯定不能加那么多样品的

[ 发自小木虫客户端 ]
6楼2014-12-15 16:48:56
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7楼2014-12-15 17:56:03
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myyounger

至尊木虫 (文坛精英)

路过顺便顶一下 祝楼主一切顺利!
8楼2014-12-15 18:08:19
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9楼2014-12-15 19:10:42
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祝福祝福发祝福
10楼2014-12-15 19:57:08
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