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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » NdeI内切酶的保护碱基个数？
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vito22

新虫 (小有名气)

[求助] NdeI内切酶的保护碱基个数？ 已有4人参与

近来用Thermo的NdeI，涉及加保护碱基的问题，有的人说需要加六个保护碱基，有的说七个，而根据NEB官网的提示，加三个就可以了（https://www.neb.com/tools-and-re ... nd-of-dna-fragments），请问有经验的虫友们，NdeI加几个保护碱基合适？
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1楼 2014-12-09 15:14:51
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lpzl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
vito22: 金币+10 2014-12-10 16:31:45
加3个保护碱基就可以了。。。我就是这么做的。
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Start_everyday_with_a_new_hope,_leave_bad_memories...
2楼2014-12-09 18:32:23
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
需要加吗？我从来不加，因为根本就不需要加保护碱基。

[ 发自小木虫客户端 ]
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vito22
3楼2014-12-09 18:37:44
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嘿小杨同志

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-12-10 20:07:54
http://wenku.baidu.com/link?url= ... NpZK_Qi8bGzg8Nm37Y_这里就有，一般来说我加了GGAATTC，但是不建议楼主选用这个酶切位点，太难切了。
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vito22
4楼2014-12-09 19:33:17
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意萧02

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-12-10 20:08:02
加两三个够了，一般没啥影响，很多人加都没加，照样可以，所以不要太纠结这个问题，不放心就加两三个意思意思，加上去的最好跟序列能够匹配，这样结合率高点
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vito22
5楼2014-12-10 15:42:22
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vito22

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lpzl at 2014-12-09 18:32:23
加3个保护碱基就可以了。。。我就是这么做的。

请问NdeI加3个保护碱基的酶切酶连效率如何？
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6楼2014-12-10 16:34:53
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vito22

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by Neo2000 at 2014-12-09 18:37:44
需要加吗？我从来不加，因为根本就不需要加保护碱基。

不需要加保护碱基？！请问不加保护碱基是针对哪个限制酶说的，还是所有的限制酶都不用加，不加的效率如何，NdeI有没有试过呢
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7楼2014-12-10 16:38:41
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vito22

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 嘿小杨同志 at 2014-12-09 19:33:17
http://wenku.baidu.com/link?url=Ab9xn-TSbAuhyDzKIGJTcjjiJqB7_tG6fZG--eiP6ErZ-xmACJsgfJEDiKtdBsdDtRJcwHbW7RmzQONslUHRsT4INpZK_Qi8bGzg8Nm37Y_这里就有，一般来说我加了GGAATTC，但是不建议楼主选用这个酶切位 ...

谢谢，太难切了是说加了七个碱基效率依然不高吗,用得哪个公司的酶?
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8楼2014-12-10 16:43:16
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vito22

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by 意萧02 at 2014-12-10 15:42:22
加两三个够了，一般没啥影响，很多人加都没加，照样可以，所以不要太纠结这个问题，不放心就加两三个意思意思，加上去的最好跟序列能够匹配，这样结合率高点

谢谢提醒，对于大多数限制酶来说，“加两三个够了”，针对NdeI也是如此么？
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9楼2014-12-10 16:45:05
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嘿小杨同志

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by vito22 at 2014-12-10 16:43:16
谢谢，太难切了是说加了七个碱基效率依然不高吗,用得哪个公司的酶?...

takara的，这个酶效率都不高楼主慎用啊。
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10楼2014-12-10 17:20:16
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