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todd999

木虫 (正式写手)

[交流] 酶切位点如果形成稳定的a-helix，会不会影响蛋白酶切的效率？

酶切位点如果形成稳定的a-helix，会不会影响蛋白酶切的效率？
也就是说酶切位点的二级结构对于酶的效率有无影响？

[ Last edited by silicare on 2014-5-14 at 18:29 ]
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1楼 2012-04-10 12:36:39
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todd999

木虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by lybio at 2012-04-25 15:00:45:
楼主能不能分享下cell 文献

Crystal Structures of a Formin Homology-2 Domain Reveal a Tethered Dimer Architecture
就这篇：）
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11楼2012-04-27 14:39:15
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普通回帖

zhixuec

木虫 (著名写手)
★
todd999(金币+1): 谢谢参与
有影响 但不会太大的

还是可以切的

相信我~
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2楼2012-04-10 13:17:33
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todd999

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhixuec at 2012-04-10 13:17:33:
有影响 但不会太大的

还是可以切的

相信我~

我看到一篇cell的文章，里面讲有一个linker结构域，文中使用了chymotrypsin和trypsin两种酶来切。已经知道这个linker结构域没有明显的二级结构。最后说了一句话：These sites would not be expected to be accessible to proteases if maintained in a stable helical conformation

这么说来，酶切位点不光是一级结构起作用，二级结构的影响也很大？
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3楼2012-04-10 13:23:51
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junxiao0320

金虫 (小有名气)
★
todd999(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
3楼: Originally posted by todd999 at 2012-04-10 13:23:51:
我看到一篇cell的文章，里面讲有一个linker结构域，文中使用了chymotrypsin和trypsin两种酶来切。已经知道这个linker结构域没有明显的二级结构。最后说了一句话：These sites would not be expected to be acces ...

最近连接表达载体，总是切不好，是不是这个原因呢，值得考虑
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4楼2012-04-10 14:15:36
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todd999

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by junxiao0320 at 2012-04-10 14:15:36:
最近连接表达载体，总是切不好，是不是这个原因呢，值得考虑

表达载体不是蛋白啊？
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5楼2012-04-10 20:45:07
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米菲的旋律

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
todd999(金币+1): 谢谢参与
zhaohq1209: 金币+2, 鼓励原创交流~ 2012-04-13 11:24:43
引用回帖:
5楼: Originally posted by todd999 at 2012-04-10 20:45:07:
表达载体不是蛋白啊？

很容易理解成为基因克隆里的酶切，hehe~

按我的理解吧，如果是蛋白折叠好之前的酶切，那可能与二级或者三级结构关系不大；
但如果，某蛋白酶的底物是已经折叠好的蛋白，那么它的识别位点肯定要受二级结构甚至三级结构影响了。

举个例子，假设某蛋白酶的识别序列是XOXO，而该序列不仅分布在分子表面位点A，也分布于包埋的疏水内部B，那么结果可能是只有A被识别，而B就是inaccessible了。
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6楼2012-04-12 22:27:26
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todd999

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 米菲的旋律 at 2012-04-12 22:27:26:
很容易理解成为基因克隆里的酶切，hehe~

按我的理解吧，如果是蛋白折叠好之前的酶切，那可能与二级或者三级结构关系不大；
但如果，某蛋白酶的底物是已经折叠好的蛋白，那么它的识别位点肯定要受二级结构甚至 ...

对啊，感觉这个问题应该挺基础，而且经常会遇到，但是却搜不到满意的答案，奇怪。。。
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7楼2012-04-13 00:43:35
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lybio

金虫 (正式写手)
★
todd999(金币+1): 谢谢参与
做了挺多个蛋白，设计同样的蛋白酶切位点，用同一批次的蛋白酶，有的切的很好，有的效率低，有的切不动，有的乱切。乱切可以理解为有些蛋白酶专一性比较差导致，其他的可能是跟蛋白的高级结构有关
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8楼2012-04-25 14:57:57
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lybio

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhixuec at 2012-04-10 13:17:33:
有影响 但不会太大的

还是可以切的

相信我~

楼主能不能分享下这篇文献？
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9楼2012-04-25 15:00:02
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lybio

金虫 (正式写手)
楼主能不能分享下cell 文献
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10楼2012-04-25 15:00:45
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Enron

铜虫 (小有名气)
★
todd999(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
6楼: Originally posted by 米菲的旋律 at 2012-04-12 22:27:26
很容易理解成为基因克隆里的酶切，hehe~

按我的理解吧，如果是蛋白折叠好之前的酶切，那可能与二级或者三级结构关系不大；
但如果，某蛋白酶的底物是已经折叠好的蛋白，那么它的识别位点肯定要受二级结构甚至三 ...

有相关文献吗,求
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12楼2014-05-14 14:12:31
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飞奔的大象

新虫 (小有名气)
★
todd999(金币+1): 谢谢参与
(⊙o⊙)…蛋白酶去切蛋白分子的时候，酶切位点一定是暴露在表面才可能进入活性中心的底物口袋。但是你的酶切环境直接影响了蛋白的结构，是否松散，是否可及。不然就不会有最适的PH ，最适温度，最适盐离子浓度之说了~
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13楼2014-06-12 18:08:33
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