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xwnail2003

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wbf3ng

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1.通过center,offset,可以调整位置,结合机理将grid 调整到活性位置,实在不知道活性位置,把它最大化,整个分子包在grid 里。

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2楼2014-11-20 06:42:19
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wbf3ng

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引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2014-11-20 06:42:19
1.通过center,offset,可以调整位置,结合机理将grid 调整到活性位置,实在不知道活性位置,把它最大化,整个分子包在grid 里。

2.num_mod一般给出9个bindind affinity,第一个能量最低

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3楼2014-11-20 06:58:29
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xwnail2003

禁虫 (著名写手)

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4楼2014-11-20 10:50:40
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xwnail2003

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5楼2014-11-20 10:51:46
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xwnail2003

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6楼2014-11-20 10:58:24
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pymol

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【答案】应助回帖

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abinitio: 金币+1, 鼓励交流 2014-11-20 14:08:43
xwnail2003: 金币+5, 有帮助 2014-11-24 16:16:36
xwnail2003: 金币+5 2014-11-25 11:18:32
1:活性为点选择可以参考其中的几个氨基酸,然后gridbox 设置包裹住这些残基,当然需要对活性中心应当非常了解:
2:analyz分析dlg文件的时候,可以按照构象或者能量排序
7楼2014-11-20 11:22:04
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xwnail2003

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8楼2014-11-24 16:17:55
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pymol

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引用回帖:
8楼: Originally posted by xwnail2003 at 2014-11-24 16:17:55
我用的是vina,没有dlg文件,是否就按照构象排序?...

可以选取其中的构象分析
9楼2014-11-25 14:45:02
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