| 查看: 2364 | 回复: 10 | |||
zhangdi6802银虫 (小有名气)
|
[求助]
请问计算小分子与蛋白的结合情况什么软件比较好？ 已有5人参与
|
||
| 各位前辈：请问计算分析小分子与蛋白的结合情况什么软件比较好？ 非常感谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
垃圾破二本职称评审标准
已经有18人回复
-
职称评审没过，求安慰
已经有53人回复
-
毕业后当辅导员了，天天各种学生超烦
已经有5人回复
-
26申博自荐
已经有3人回复
-
A期刊撤稿
已经有4人回复
-
EST投稿状态问题
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助，蛋白质与生物小分子结合
已经有5人回复
- 表达小分子蛋白有什么技巧
已经有16人回复
- 小分子蛋白的western blotting注意事项
已经有12人回复
- 关于计算小分子与血清白蛋白结合距离的问题
已经有6人回复
- 请教如何将下载下来的蛋白中的小分子配体删掉？
已经有13人回复
- 蛋白质大小的计算
已经有7人回复
- 脂多糖和蛋白分子的对接用什么软件好做？
已经有6人回复
- 怎么计算蛋白的等电点，谢谢
已经有14人回复
- 蛋白分子建模 小分子化合物画图 酶与配体的分子模拟
已经有11人回复
- 求教小分子与蛋白结合常数的测定方法
已经有15人回复
- 想问一下：用什么软件可以做小分子在蛋白结构中的运动视频？
已经有6人回复
- 求助，如何使用Forster能量转移理论计算药物小分子与蛋白之间的能量转移啊？
已经有11人回复
- 小分子蛋白测紫外吸光值
已经有8人回复
- 如何做一个小分子化合物与蛋白结构的Binding
已经有11人回复
- 【求助/交流】请问如何计算某融合蛋白的分子量
已经有5人回复
- 【求助/交流】如何测定蛋白质的分子量大小？
已经有11人回复
- 【求助/交流】极小分子与极大分子蛋白的Western Bloting转膜求助！
已经有10人回复
- 【求助】什么软件可以显示和统计蛋白质中氢键
已经有10人回复
- 【求助/交流】蛋白质分子量计算
已经有9人回复
- 【求助】哪位能帮忙写一下DS中小分子和蛋白对接的方法啊？计算一下能量什么的？非常感
已经有12人回复
- 【求助】如何实现两个小分子之间的对接？！
已经有15人回复
4楼2014-06-23 10:24:22
|
我想你指的结合情况大概包含两方面的含义：1）小分子在蛋白质中的结合构象，这个任务主要是分子对接（molecular docking）；2）小分子与蛋白质结合自由能的计算，总体来说分子对接软件中内置的打分函数（scoring function）差强人意。准确度更高的打分函数需要对去溶剂化（desolvation）效果更精确的计算，例如finite difference Poisson-Boltzman equation，但是计算时间也更长。此外基于分子动力模拟（MD）的方法也能提供较为准确的结果。Gromacs可以直接支持LIE(linear interaction energy)模型的计算。 就分子对接而言，可以试试最近一款新的软件LeDock，有Windows版本的图形界面，网上有详细的教程，十分简单，无需对蛋白以及小分子进行复杂、烦人的预处理。对接速度快，准确度在90%以上。下载地址：www.lephar.com 最近发现国内很多朋友使用AutoDock 4.2，一款使用最为广泛的对接软件，大概是因为是最早开源的学术软件。但是该软件的对接准确率只有40%，而耗时确又额外的长，是他们实验室另外一款软件Vina的10-100倍。Autodock与Vina的具体性能比较可参考Vina的文章，Vina的准确率在80%左右。建议用Autodock的朋友转用Vina。 |
5楼2014-06-26 02:43:53
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhangdi6802: 金币+2, ★有帮助 2014-06-23 13:12:49
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-06-25 13:54:20
感谢参与，应助指数 +1
zhangdi6802: 金币+2, ★有帮助 2014-06-23 13:12:49
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-06-25 13:54:20
|
本帖内容被屏蔽 |
2楼2014-06-22 19:14:01
664326424
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1276.3
- 散金: 98
- 红花: 1
- 帖子: 155
- 在线: 82.6小时
- 虫号: 1119244
- 注册: 2010-10-11
- 性别: GG
- 专业: 药物代谢与药物动力学
3楼2014-06-22 19:39:52
ll9999
专家顾问 (文坛精英)
-
专家经验: +584 - 应助: 8021 (教授)
- 贵宾: 60.073
- 金币: 290575
- 散金: 2941
- 红花: 710
- 沙发: 28
- 帖子: 37510
- 在线: 3178.5小时
- 虫号: 1410396
- 注册: 2011-09-21
- 性别: MM
- 专业: 区域发展管理
- 管辖: 电脑使用
6楼2014-06-26 08:35:23
7楼2014-06-26 09:16:43
8楼2014-06-26 09:17:10
gancs7894
金虫 (著名写手)
- 应助: 19 (小学生)
- 金币: 22671.3
- 散金: 24
- 红花: 9
- 帖子: 2755
- 在线: 648.7小时
- 虫号: 236770
- 注册: 2006-04-03
- 专业: 合成药物化学
9楼2014-06-26 09:40:11
lrf1980
新虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 41 (小学生)
- 金币: 1254.2
- 红花: 3
- 帖子: 136
- 在线: 52.5小时
- 虫号: 2060967
- 注册: 2012-10-14
- 专业: 药物化学
10楼2014-06-26 14:53:06