| 查看: 2515 | 回复: 10 | |||
zhangdi6802银虫 (小有名气)
|
[求助]
请问计算小分子与蛋白的结合情况什么软件比较好？ 已有5人参与
|
||
| 各位前辈：请问计算分析小分子与蛋白的结合情况什么软件比较好？ 非常感谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
本人考085602 化学工程 专硕
已经有9人回复
-
材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐
已经有7人回复
-
326求调剂
已经有3人回复
-
焦虑
已经有8人回复
-
308求调剂
已经有4人回复
-
NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗
已经有14人回复
-
化学调剂0703
已经有7人回复
-
327求调剂
已经有11人回复
-
调剂
已经有8人回复
-
梁成伟老师课题组欢迎你的加入
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助，蛋白质与生物小分子结合
已经有5人回复
- 表达小分子蛋白有什么技巧
已经有16人回复
- 小分子蛋白的western blotting注意事项
已经有12人回复
- 关于计算小分子与血清白蛋白结合距离的问题
已经有6人回复
- 请教如何将下载下来的蛋白中的小分子配体删掉？
已经有13人回复
- 蛋白质大小的计算
已经有7人回复
- 脂多糖和蛋白分子的对接用什么软件好做？
已经有6人回复
- 怎么计算蛋白的等电点，谢谢
已经有14人回复
- 蛋白分子建模 小分子化合物画图 酶与配体的分子模拟
已经有11人回复
- 求教小分子与蛋白结合常数的测定方法
已经有15人回复
- 想问一下：用什么软件可以做小分子在蛋白结构中的运动视频？
已经有6人回复
- 求助，如何使用Forster能量转移理论计算药物小分子与蛋白之间的能量转移啊？
已经有11人回复
- 小分子蛋白测紫外吸光值
已经有8人回复
- 如何做一个小分子化合物与蛋白结构的Binding
已经有11人回复
- 【求助/交流】请问如何计算某融合蛋白的分子量
已经有5人回复
- 【求助/交流】如何测定蛋白质的分子量大小？
已经有11人回复
- 【求助/交流】极小分子与极大分子蛋白的Western Bloting转膜求助！
已经有10人回复
- 【求助】什么软件可以显示和统计蛋白质中氢键
已经有10人回复
- 【求助/交流】蛋白质分子量计算
已经有9人回复
- 【求助】哪位能帮忙写一下DS中小分子和蛋白对接的方法啊？计算一下能量什么的？非常感
已经有12人回复
- 【求助】如何实现两个小分子之间的对接？！
已经有15人回复
4楼2014-06-23 10:24:22
|
我想你指的结合情况大概包含两方面的含义：1）小分子在蛋白质中的结合构象，这个任务主要是分子对接（molecular docking）；2）小分子与蛋白质结合自由能的计算，总体来说分子对接软件中内置的打分函数（scoring function）差强人意。准确度更高的打分函数需要对去溶剂化（desolvation）效果更精确的计算，例如finite difference Poisson-Boltzman equation，但是计算时间也更长。此外基于分子动力模拟（MD）的方法也能提供较为准确的结果。Gromacs可以直接支持LIE(linear interaction energy)模型的计算。 就分子对接而言，可以试试最近一款新的软件LeDock，有Windows版本的图形界面，网上有详细的教程，十分简单，无需对蛋白以及小分子进行复杂、烦人的预处理。对接速度快，准确度在90%以上。下载地址：www.lephar.com 最近发现国内很多朋友使用AutoDock 4.2，一款使用最为广泛的对接软件，大概是因为是最早开源的学术软件。但是该软件的对接准确率只有40%，而耗时确又额外的长，是他们实验室另外一款软件Vina的10-100倍。Autodock与Vina的具体性能比较可参考Vina的文章，Vina的准确率在80%左右。建议用Autodock的朋友转用Vina。 |
5楼2014-06-26 02:43:53
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhangdi6802: 金币+2, ★有帮助 2014-06-23 13:12:49
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-06-25 13:54:20
感谢参与，应助指数 +1
zhangdi6802: 金币+2, ★有帮助 2014-06-23 13:12:49
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-06-25 13:54:20
|
本帖内容被屏蔽 |
2楼2014-06-22 19:14:01
664326424
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1276.3
- 散金: 98
- 红花: 1
- 帖子: 155
- 在线: 82.6小时
- 虫号: 1119244
- 注册: 2010-10-11
- 性别: GG
- 专业: 药物代谢与药物动力学
3楼2014-06-22 19:39:52
ll9999
专家顾问 (文坛精英)
-
专家经验: +584 - 应助: 8021 (教授)
- 贵宾: 60.073
- 金币: 290576
- 散金: 2941
- 红花: 710
- 沙发: 28
- 帖子: 37510
- 在线: 3178.5小时
- 虫号: 1410396
- 注册: 2011-09-21
- 性别: MM
- 专业: 区域发展管理
- 管辖: 电脑使用
6楼2014-06-26 08:35:23
7楼2014-06-26 09:16:43
8楼2014-06-26 09:17:10
gancs7894
金虫 (著名写手)
- 应助: 19 (小学生)
- 金币: 22671.3
- 散金: 24
- 红花: 9
- 帖子: 2755
- 在线: 648.7小时
- 虫号: 236770
- 注册: 2006-04-03
- 专业: 合成药物化学
9楼2014-06-26 09:40:11
lrf1980
新虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 41 (小学生)
- 金币: 1254.2
- 红花: 3
- 帖子: 136
- 在线: 52.5小时
- 虫号: 2060967
- 注册: 2012-10-14
- 专业: 药物化学
10楼2014-06-26 14:53:06
