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zhangdi6802

银虫 (小有名气)

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[求助] 请问计算小分子与蛋白的结合情况什么软件比较好？已有5人参与

各位前辈：请问计算分析小分子与蛋白的结合情况什么软件比较好？非常感谢！

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亮剑精神

1楼 2014-06-22 15:56:21

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zurich190

新虫 (初入文坛)

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我想你指的结合情况大概包含两方面的含义：1）小分子在蛋白质中的结合构象，这个任务主要是分子对接（molecular docking）；2）小分子与蛋白质结合自由能的计算，总体来说分子对接软件中内置的打分函数（scoring function）差强人意。准确度更高的打分函数需要对去溶剂化（desolvation）效果更精确的计算，例如finite difference Poisson-Boltzman equation，但是计算时间也更长。此外基于分子动力模拟（MD）的方法也能提供较为准确的结果。Gromacs可以直接支持LIE(linear interaction energy)模型的计算。

就分子对接而言，可以试试最近一款新的软件LeDock，有Windows版本的图形界面，网上有详细的教程，十分简单，无需对蛋白以及小分子进行复杂、烦人的预处理。对接速度快，准确度在90%以上。下载地址：www.lephar.com

最近发现国内很多朋友使用AutoDock 4.2，一款使用最为广泛的对接软件，大概是因为是最早开源的学术软件。但是该软件的对接准确率只有40%，而耗时确又额外的长，是他们实验室另外一款软件Vina的10-100倍。Autodock与Vina的具体性能比较可参考Vina的文章，Vina的准确率在80%左右。建议用Autodock的朋友转用Vina。