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zhangdi6802银虫 (小有名气)
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[求助]
请问计算小分子与蛋白的结合情况什么软件比较好？ 已有5人参与
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| 各位前辈：请问计算分析小分子与蛋白的结合情况什么软件比较好？ 非常感谢！ |
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金虫 (小有名气)
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3楼2014-06-22 19:39:52
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhangdi6802: 金币+2, ★有帮助 2014-06-23 13:12:49
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-06-25 13:54:20
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2楼2014-06-22 19:14:01
4楼2014-06-23 10:24:22
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我想你指的结合情况大概包含两方面的含义：1）小分子在蛋白质中的结合构象，这个任务主要是分子对接（molecular docking）；2）小分子与蛋白质结合自由能的计算，总体来说分子对接软件中内置的打分函数（scoring function）差强人意。准确度更高的打分函数需要对去溶剂化（desolvation）效果更精确的计算，例如finite difference Poisson-Boltzman equation，但是计算时间也更长。此外基于分子动力模拟（MD）的方法也能提供较为准确的结果。Gromacs可以直接支持LIE(linear interaction energy)模型的计算。 就分子对接而言，可以试试最近一款新的软件LeDock，有Windows版本的图形界面，网上有详细的教程，十分简单，无需对蛋白以及小分子进行复杂、烦人的预处理。对接速度快，准确度在90%以上。下载地址：www.lephar.com 最近发现国内很多朋友使用AutoDock 4.2，一款使用最为广泛的对接软件，大概是因为是最早开源的学术软件。但是该软件的对接准确率只有40%，而耗时确又额外的长，是他们实验室另外一款软件Vina的10-100倍。Autodock与Vina的具体性能比较可参考Vina的文章，Vina的准确率在80%左右。建议用Autodock的朋友转用Vina。 |
5楼2014-06-26 02:43:53
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