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分离一种菌株16srDNA测序列与已知菌株序列相似度在99%以上，该分离菌株算新菌株吗 已有1人参与
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RT，分离出的一种不知名的菌株经16s rDNA排列检测其序列与现有已知菌株序列相似度在99%以上，请问，该分离菌株算新菌株吗？或者该不知名菌株该怎么分类 我是生物小白  |
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 植物病原细菌学 |
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zhaozhibozhi
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【答案】应助回帖
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宝贝乖乖快来: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-11-24 09:05:29
宝贝乖乖快来: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-11-24 09:05:29
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你说的“新菌株”是说属于新种吗？你的很可能不是；鉴定时，16S只能提供一定参考，不能确定种、变种什么的；准确鉴定最直接的证据是DNA-DNA杂交（<70%）。 如果你的菌株有一定研究价值，想要明确其分类地位的话，需要提供多方面证据：形态、培养特征，理化性质、分子证据（16S、ITS、MLSA、指纹图谱）；其它手段也有人使用，比如数值鉴定、质谱分析及其它基因（如dnaA基因）的系统进化分析。具体参考多相分类方面的文章。通过这些证据（可以是其中的一部分）一般都能准确鉴定到种、乃至变种了。如果是新种的话，还要做个DNA-DNA杂交。 “菌株还算是新菌株吗”：16S+理化性质+MLSA，和最接近的菌株比较一下，就知道了。你的应该是新菌株，毕竟种是以标准菌株为中心建立起来的一大群菌株的统称，哪能随便一株就和已报道的完全一致呢。 |
8楼2014-11-20 21:54:02
zhaozhibozhi
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【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
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Whereas isolates that have less than 97% rRNA gene-sequence similarity usually share <70% DDH and belong to different species, isolates that have ≥97% identity might or might not meet the 70% DDH criterion for inclusion in the same species. ——引自“Re-evaluating prokaryotic species” （Nature reviews Microbiology, 2005). 意思是说16S相似度小于97%，应该是不同种；大于等于97%可能是一个种，也可能不是。 你这大于99%，有很大几率不是新种。如果想明确其分类地位，还需要其它方面的证据。 |
2楼2014-11-19 13:04:53
3楼2014-11-19 13:31:29
zhaozhibozhi
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zhaozhibozhi
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