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宝贝乖乖快来

铁杆木虫 (职业作家)

[求助] 分离一种菌株16srDNA测序列与已知菌株序列相似度在99%以上,该分离菌株算新菌株吗 已有1人参与

RT,分离出的一种不知名的菌株经16s rDNA排列检测其序列与现有已知菌株序列相似度在99%以上,请问,该分离菌株算新菌株吗?或者该不知名菌株该怎么分类
我是生物小白
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宝贝乖乖快来

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
8楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-11-20 21:54:02
你说的“新菌株”是说属于新种吗?你的很可能不是;鉴定时,16S只能提供一定参考,不能确定种、变种什么的;准确鉴定最直接的证据是DNA-DNA杂交(<70%)。
如果你的菌株有一定研究价值,想要明确其分类地位的话 ...

谢谢你的回答。
10楼2014-11-21 08:49:30
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
Whereas isolates that have less than 97% rRNA gene-sequence similarity usually share <70% DDH and
belong to different species, isolates that have ≥97% identity might or might not meet the 70% DDH criterion for inclusion in the same species. ——引自“Re-evaluating prokaryotic species” (Nature reviews Microbiology, 2005).

意思是说16S相似度小于97%,应该是不同种;大于等于97%可能是一个种,也可能不是。

你这大于99%,有很大几率不是新种。如果想明确其分类地位,还需要其它方面的证据。
做一个阳光、开朗的小和尚
2楼2014-11-19 13:04:53
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宝贝乖乖快来

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-11-19 13:04:53
Whereas isolates that have less than 97% rRNA gene-sequence similarity usually share <70% DDH and
belong to different species, isolates that have ≥97% identity might or might not meet the 70% DD ...

谢谢您的帮助

那有可能不是新种的话,该如何定位这个新发现的种?

还需要哪些方面的证据,比如说理化性质还是什么?
3楼2014-11-19 13:31:29
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 宝贝乖乖快来 at 2014-11-19 13:31:29
谢谢您的帮助

那有可能不是新种的话,该如何定位这个新发现的种?

还需要哪些方面的证据,比如说理化性质还是什么?...

生物学特性与分子证据。参阅细菌鉴定手册。

分子证据还可以做下MLSA、Rep-PCR等。

详情搜索关键词,查阅文献。
做一个阳光、开朗的小和尚
4楼2014-11-19 13:40:46
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