| 查看: 3885 | 回复: 13 | |||
[求助]
分离一种菌株16srDNA测序列与已知菌株序列相似度在99%以上，该分离菌株算新菌株吗 已有1人参与
|
|||
|
RT，分离出的一种不知名的菌株经16s rDNA排列检测其序列与现有已知菌株序列相似度在99%以上，请问，该分离菌株算新菌株吗？或者该不知名菌株该怎么分类 我是生物小白  |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 植物病原细菌学 |
» 猜你喜欢
301求调剂
已经有18人回复
-
化工学硕 285求调剂
已经有19人回复
-
328求调剂
已经有8人回复
-
求调剂
已经有28人回复
-
304求调剂（085602，过四级，一志愿985）
已经有21人回复
-
288环境专硕,求调材料方向
已经有33人回复
-
285求调剂
已经有16人回复
-
273求调剂
已经有41人回复
-
331求调剂
已经有4人回复
-
298求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 16SrDNA与16SrRNA的区别
已经有11人回复
- 如何根据序列找出相似菌株和相近菌属
已经有4人回复
- 细菌16S测序 诡异的现象
已经有11人回复
- 怎么做菌种鉴定
已经有20人回复
- 新种鉴定时参考菌株的选择
已经有12人回复
- 如何通过序列确定一个菌是否是新种，并blast分析构建系统发育树
已经有6人回复
- 用16S测序鉴定单一菌株的困惑
已经有15人回复
- 一个菌株和最高同源性的菌，构建系统发育树两个菌不在一起
已经有10人回复
- 细菌属种鉴定问题
已经有21人回复
- 利用MEGA5.2对一株细菌16SrDNA构建系统进化树，结果发现与BLASTN结果差的好远
已经有7人回复
- 基于氨基酸的系统发育树的构建
已经有6人回复
- 关于菌株16SrDNA序列鉴定的问题
已经有4人回复
- 【求助/交流】基于16SrDNA测序结果与标准菌株库中的菌株比对结果初步确定新种属的问题
已经有7人回复
zhaozhibozhi
金虫 (正式写手)
- 应助: 112 (高中生)
- 金币: 1512.3
- 散金: 5
- 红花: 11
- 帖子: 480
- 在线: 444.9小时
- 虫号: 1763195
- 注册: 2012-04-18
- 性别: GG
- 专业: 植物病理学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
宝贝乖乖快来: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-11-24 09:05:29
宝贝乖乖快来: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-11-24 09:05:29
|
你说的“新菌株”是说属于新种吗？你的很可能不是；鉴定时，16S只能提供一定参考，不能确定种、变种什么的；准确鉴定最直接的证据是DNA-DNA杂交（<70%）。 如果你的菌株有一定研究价值，想要明确其分类地位的话，需要提供多方面证据：形态、培养特征，理化性质、分子证据（16S、ITS、MLSA、指纹图谱）；其它手段也有人使用，比如数值鉴定、质谱分析及其它基因（如dnaA基因）的系统进化分析。具体参考多相分类方面的文章。通过这些证据（可以是其中的一部分）一般都能准确鉴定到种、乃至变种了。如果是新种的话，还要做个DNA-DNA杂交。 “菌株还算是新菌株吗”：16S+理化性质+MLSA，和最接近的菌株比较一下，就知道了。你的应该是新菌株，毕竟种是以标准菌株为中心建立起来的一大群菌株的统称，哪能随便一株就和已报道的完全一致呢。 |
8楼2014-11-20 21:54:02
zhaozhibozhi
金虫 (正式写手)
- 应助: 112 (高中生)
- 金币: 1512.3
- 散金: 5
- 红花: 11
- 帖子: 480
- 在线: 444.9小时
- 虫号: 1763195
- 注册: 2012-04-18
- 性别: GG
- 专业: 植物病理学
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
|
Whereas isolates that have less than 97% rRNA gene-sequence similarity usually share <70% DDH and belong to different species, isolates that have ≥97% identity might or might not meet the 70% DDH criterion for inclusion in the same species. ——引自“Re-evaluating prokaryotic species” （Nature reviews Microbiology, 2005). 意思是说16S相似度小于97%，应该是不同种；大于等于97%可能是一个种，也可能不是。 你这大于99%，有很大几率不是新种。如果想明确其分类地位，还需要其它方面的证据。 |
2楼2014-11-19 13:04:53
3楼2014-11-19 13:31:29
zhaozhibozhi
金虫 (正式写手)
- 应助: 112 (高中生)
- 金币: 1512.3
- 散金: 5
- 红花: 11
- 帖子: 480
- 在线: 444.9小时
- 虫号: 1763195
- 注册: 2012-04-18
- 性别: GG
- 专业: 植物病理学
4楼2014-11-19 13:40:46
5楼2014-11-19 16:14:43
zhaozhibozhi
金虫 (正式写手)
- 应助: 112 (高中生)
- 金币: 1512.3
- 散金: 5
- 红花: 11
- 帖子: 480
- 在线: 444.9小时
- 虫号: 1763195
- 注册: 2012-04-18
- 性别: GG
- 专业: 植物病理学
6楼2014-11-19 17:51:46
7楼2014-11-20 08:56:07
9楼2014-11-20 23:48:27
10楼2014-11-21 08:49:30
