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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 分离一种菌株16srDNA测序列与已知菌株序列相似度在99%以上，该分离菌株算新菌株吗
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宝贝乖乖快来

铁杆木虫 (职业作家)

[求助] 分离一种菌株16srDNA测序列与已知菌株序列相似度在99%以上，该分离菌株算新菌株吗 已有1人参与

RT，分离出的一种不知名的菌株经16s rDNA排列检测其序列与现有已知菌株序列相似度在99%以上，请问，该分离菌株算新菌株吗？或者该不知名菌株该怎么分类
我是生物小白
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1楼 2014-11-19 11:01:44
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
宝贝乖乖快来: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-11-24 09:05:29
引用回帖:
7楼: Originally posted by 宝贝乖乖快来 at 2014-11-20 08:56:07
那发现的菌株的理化性质以及发酵后的产物作用均与现有已知菌株的理化性质以及发酵产物的作用类似，那这个发现的菌株还算是新菌株吗？或者就只是一个变种或者亚种？...

你说的“新菌株”是说属于新种吗？你的很可能不是；鉴定时，16S只能提供一定参考，不能确定种、变种什么的；准确鉴定最直接的证据是DNA-DNA杂交（<70%）。
如果你的菌株有一定研究价值，想要明确其分类地位的话，需要提供多方面证据：形态、培养特征，理化性质、分子证据（16S、ITS、MLSA、指纹图谱）；其它手段也有人使用，比如数值鉴定、质谱分析及其它基因（如dnaA基因）的系统进化分析。具体参考多相分类方面的文章。通过这些证据（可以是其中的一部分）一般都能准确鉴定到种、乃至变种了。如果是新种的话，还要做个DNA-DNA杂交。

“菌株还算是新菌株吗”：16S+理化性质+MLSA，和最接近的菌株比较一下，就知道了。你的应该是新菌株，毕竟种是以标准菌株为中心建立起来的一大群菌株的统称，哪能随便一株就和已报道的完全一致呢。
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做一个阳光、开朗的小和尚
8楼2014-11-20 21:54:02
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
Whereas isolates that have less than 97% rRNA gene-sequence similarity usually share <70% DDH and
belong to different species, isolates that have ≥97% identity might or might not meet the 70% DDH criterion for inclusion in the same species. ——引自“Re-evaluating prokaryotic species” （Nature reviews Microbiology, 2005).

意思是说16S相似度小于97%，应该是不同种；大于等于97%可能是一个种，也可能不是。

你这大于99%，有很大几率不是新种。如果想明确其分类地位，还需要其它方面的证据。
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做一个阳光、开朗的小和尚
2楼2014-11-19 13:04:53
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宝贝乖乖快来

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-11-19 13:04:53
Whereas isolates that have less than 97% rRNA gene-sequence similarity usually share <70% DDH and
belong to different species, isolates that have ≥97% identity might or might not meet the 70% DD ...

谢谢您的帮助

那有可能不是新种的话，该如何定位这个新发现的种？

还需要哪些方面的证据，比如说理化性质还是什么？
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3楼2014-11-19 13:31:29
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 宝贝乖乖快来 at 2014-11-19 13:31:29
谢谢您的帮助

那有可能不是新种的话，该如何定位这个新发现的种？

还需要哪些方面的证据，比如说理化性质还是什么？...

生物学特性与分子证据。参阅细菌鉴定手册。

分子证据还可以做下MLSA、Rep-PCR等。

详情搜索关键词，查阅文献。
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做一个阳光、开朗的小和尚
4楼2014-11-19 13:40:46
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宝贝乖乖快来

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-11-19 13:40:46
生物学特性与分子证据。参阅细菌鉴定手册。

分子证据还可以做下MLSA、Rep-PCR等。

详情搜索关键词，查阅文献。...

那如果说发现的菌株和已知菌株序列测试相似度在99%以上，能得出什么结论啊，能说两个菌株同源吗？还是两个相近的菌株，或者说发现的菌株是已知菌株的一个变种吗？
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5楼2014-11-19 16:14:43
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 宝贝乖乖快来 at 2014-11-19 16:14:43
那如果说发现的菌株和已知菌株序列测试相似度在99%以上，能得出什么结论啊，能说两个菌株同源吗？还是两个相近的菌株，或者说发现的菌株是已知菌株的一个变种吗？...

说明很可能是一个种的。需要再结合其它证据。
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做一个阳光、开朗的小和尚
6楼2014-11-19 17:51:46
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宝贝乖乖快来

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-11-19 17:51:46
说明很可能是一个种的。需要再结合其它证据。...

那发现的菌株的理化性质以及发酵后的产物作用均与现有已知菌株的理化性质以及发酵产物的作用类似，那这个发现的菌株还算是新菌株吗？或者就只是一个变种或者亚种？
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7楼2014-11-20 08:56:07
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新鲜柠檬片

新虫 (初入文坛)
你的是细菌吗

[ 发自小木虫客户端 ]
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9楼2014-11-20 23:48:27
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宝贝乖乖快来

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-11-20 21:54:02
你说的“新菌株”是说属于新种吗？你的很可能不是；鉴定时，16S只能提供一定参考，不能确定种、变种什么的；准确鉴定最直接的证据是DNA-DNA杂交（<70%）。
如果你的菌株有一定研究价值，想要明确其分类地位的话 ...

谢谢你的回答。
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10楼2014-11-21 08:49:30
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