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宝贝乖乖快来

铁杆木虫 (职业作家)

[求助] 分离一种菌株16srDNA测序列与已知菌株序列相似度在99%以上,该分离菌株算新菌株吗 已有1人参与

RT,分离出的一种不知名的菌株经16s rDNA排列检测其序列与现有已知菌株序列相似度在99%以上,请问,该分离菌株算新菌株吗?或者该不知名菌株该怎么分类
我是生物小白
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宝贝乖乖快来

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-11-19 13:40:46
生物学特性与分子证据。参阅细菌鉴定手册。

分子证据还可以做下MLSA、Rep-PCR等。

详情搜索关键词,查阅文献。...

那如果说发现的菌株和已知菌株序列测试相似度在99%以上,能得出什么结论啊,能说两个菌株同源吗?还是两个相近的菌株,或者说发现的菌株是已知菌株的一个变种吗?
5楼2014-11-19 16:14:43
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
Whereas isolates that have less than 97% rRNA gene-sequence similarity usually share <70% DDH and
belong to different species, isolates that have ≥97% identity might or might not meet the 70% DDH criterion for inclusion in the same species. ——引自“Re-evaluating prokaryotic species” (Nature reviews Microbiology, 2005).

意思是说16S相似度小于97%,应该是不同种;大于等于97%可能是一个种,也可能不是。

你这大于99%,有很大几率不是新种。如果想明确其分类地位,还需要其它方面的证据。
做一个阳光、开朗的小和尚
2楼2014-11-19 13:04:53
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宝贝乖乖快来

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-11-19 13:04:53
Whereas isolates that have less than 97% rRNA gene-sequence similarity usually share <70% DDH and
belong to different species, isolates that have ≥97% identity might or might not meet the 70% DD ...

谢谢您的帮助

那有可能不是新种的话,该如何定位这个新发现的种?

还需要哪些方面的证据,比如说理化性质还是什么?
3楼2014-11-19 13:31:29
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 宝贝乖乖快来 at 2014-11-19 13:31:29
谢谢您的帮助

那有可能不是新种的话,该如何定位这个新发现的种?

还需要哪些方面的证据,比如说理化性质还是什么?...

生物学特性与分子证据。参阅细菌鉴定手册。

分子证据还可以做下MLSA、Rep-PCR等。

详情搜索关键词,查阅文献。
做一个阳光、开朗的小和尚
4楼2014-11-19 13:40:46
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