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seallinsky

木虫 (正式写手)

小木虫总版主

[求助] 牛IgG蛋白序列已有3人参与

uniprot上实在找不到牛的IgG序列。。。求助各位虫友，最好能提供uniprot号，谢谢！
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小木虫总版主
1楼2014-11-13 10:24:19
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-11-14 09:15:00
抗体的特点就是每一个序列都不相同，重链和轻链的可变区序列都是随机的，数据库一般都不收录的。如果你要找一些序列来参考，建议你到NCBI上搜索一些结晶结构，有结晶的IgG都会给出序列。给你一个例子http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/mmdb/mmdbsrv.cgi?uid=111112
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2楼2014-11-13 11:34:19
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seallinsky

木虫 (正式写手)

小木虫总版主
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2014-11-13 11:34:19
抗体的特点就是每一个序列都不相同，重链和轻链的可变区序列都是随机的，数据库一般都不收录的。如果你要找一些序列来参考，建议你到NCBI上搜索一些结晶结构，有结晶的IgG都会给出序列。给你一个例子http://www.ncb ...

我是做蛋白组学的，SwissProt的review的蛋白里居然没有收录牛的IgG蛋白（我也不敢相信），需要基因编码的精确的蛋白一级结构，比如人的Ig gamma-1 chain C region（P01857）序列这种
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小木虫总版主
3楼2014-11-13 13:23:31
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-11-14 09:15:05
引用回帖:
3楼: Originally posted by seallinsky at 2014-11-13 13:23:31
我是做蛋白组学的，SwissProt的review的蛋白里居然没有收录牛的IgG蛋白（我也不敢相信），需要基因编码的精确的蛋白一级结构，比如人的Ig gamma-1 chain C region（P01857）序列这种...

感觉你不了解抗体产生的机理，有空找一本免疫学方面的书看一下吧。一头牛如果有100万个成熟的B细胞，那它就有可能有100万个IgG，并且每一个都是不同的。单就同一个B细胞而言，它在发育的不同阶段产生的IgG也是不同的！
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4楼2014-11-13 19:15:15
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ruitao

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-11-14 09:15:19
IgG receptor FcRn large subunit p51 precursor [Bos taurus]
NCBI Reference Sequence: NP_788830.1
Identical Proteins FASTA Graphics
Go to:
LOCUS       NP_788830                354 aa            linear   MAM 12-SEP-2013
DEFINITION  IgG receptor FcRn large subunit p51 precursor [Bos taurus].
ACCESSION   NP_788830
VERSION     NP_788830.1  GI:41386731
DBSOURCE    REFSEQ: accession NM_176657.1
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Bos taurus (cattle)
  ORGANISM  Bos taurus
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Cetartiodactyla; Ruminantia;
            Pecora; Bovidae; Bovinae; Bos.
REFERENCE   1  (residues 1 to 354)
  AUTHORS   Sayed-Ahmed,A., Kassab,M., Abd-Elmaksoud,A., Elnasharty,M. and
            El-Kirdasy,A.
  TITLE     Expression and immunohistochemical localization of the neonatal Fc
            receptor (FcRn) in the mammary glands of the Egyptian water buffalo
  JOURNAL   Acta Histochem. 112 (4), 383-391 (2010)
   PUBMED   19481783
  REMARK    GeneRIF: The present data support the notion that FcRn might be
            involved in the transfer of maternal immunoglobulins and in the
            local defense mechanism of the mammary gland.
REFERENCE   2  (residues 1 to 354)
  AUTHORS   Zhang,R., Zhao,Z., Zhao,Y., Kacskovics,I., Eijk,Mv., Groot,Nd.,
            Li,N. and Hammarstrom,L.
  TITLE     Association of FcRn Heavy Chain Encoding Gene (FCGRT) Polymorphisms
            with IgG Content in Bovine Colostrum
  JOURNAL   Anim. Biotechnol. 20 (4), 242-246 (2009)
   PUBMED   19937499
  REMARK    GeneRIF: haplotype could also weaken the IgG-FcRn affinity, which
            may increase the IgG concentration in the milk.
REFERENCE   3  (residues 1 to 354)
  AUTHORS   Zimin,A.V., Delcher,A.L., Florea,L., Kelley,D.R., Schatz,M.C.,
            Puiu,D., Hanrahan,F., Pertea,G., Van Tassell,C.P., Sonstegard,T.S.,
            Marcais,G., Roberts,M., Subramanian,P., Yorke,J.A. and
            Salzberg,S.L.
  TITLE     A whole-genome assembly of the domestic cow, Bos taurus
  JOURNAL   Genome Biol. 10 (4), R42 (2009)
   PUBMED   19393038
REFERENCE   4  (residues 1 to 354)
  AUTHORS   Doleschall,M., Zhao,Y., Mayer,B., Hammarstrom,L. and Kacskovics,I.
  TITLE     Isolation of the gene encoding the bovine neonatal Fc receptor
  JOURNAL   Vet. Immunol. Immunopathol. 108 (1-2), 145-150 (2005)
   PUBMED   16095719
  REMARK    GeneRIF: FcRn alpha chain gene has acquired several repetitive
            sequences in its 5'-flanking region, including multiple SINE and
            LINE elements. Potential binding sites for transcription factors
            within the 5'-flanking sequence were identified
REFERENCE   5  (residues 1 to 354)
  AUTHORS   Laegreid,W.W., Heaton,M.P., Keen,J.E., Grosse,W.M.,
            Chitko-McKown,C.G., Smith,T.P., Keele,J.W., Bennett,G.L. and
            Besser,T.E.
  TITLE     Association of bovine neonatal Fc receptor alpha-chain gene (FCGRT)
            haplotypes with serum IgG concentration in newborn calves
  JOURNAL   Mamm. Genome 13 (12), 704-710 (2002)
   PUBMED   12514749
REFERENCE   6  (residues 1 to 354)
  AUTHORS   Kacskovics,I., Wu,Z., Simister,N.E., Frenyo,L.V. and Hammarstrom,L.
  TITLE     Cloning and characterization of the bovine MHC class I-like Fc
            receptor
  JOURNAL   J. Immunol. 164 (4), 1889-1897 (2000)
   PUBMED   10657638
COMMENT     PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final
            NCBI review. The reference sequence was derived from AF139106.1.
            
            ##Evidence-Data-START##
            Transcript exon combination :: AF139106.1 [ECO:0000332]
            RNAseq introns              :: single sample supports all introns
                                           SRS359244, SRS359245 [ECO:0000348]
            ##Evidence-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..354
                     /organism="Bos taurus"
                     /db_xref="taxon:9913"
                     /chromosome="18"
                     /map="18"
                     /breed="Holstein Friesian"
     Protein         1..354
                     /product="IgG receptor FcRn large subunit p51 precursor"
                     /note="regulates IgG metabolism and transcytosis; Fc
                     receptor"
                     /calculated_mol_wt=36663
     sig_peptide     1..23
                     /inference="COORDINATES: ab initio prediction:SignalP:4.0"
                     /calculated_mol_wt=2498
     CDS             1..354
                     /gene="FCGRT"
                     /coded_by="NM_176657.1:116..1180"
                     /db_xref="BGD:BT11421"
                     /db_xref="GeneID:338062"
ORIGIN      
        1 mrlprpqpwg lglllvllpg alsaenyrsl qyhftavsap aagtpafwvs gwlgpqqyls
       61 ynnlraqaep ygawvwesqv swyweketmd lrnqetlfle alqalgegpf tmqgllgcel
      121 gpdnvsvpva kfalngeefm mfdpklgiwd gdwpesrtvs ikwtqqpeav nkektfllys
      181 cphrllghle rgrgnlewke ppsmrlkarp gspgfsvltc safsfyppel klrflrngla
      241 igsgeidmgp ngdgsfyaws sltvksgdeh hyrcvvqhag laqpltvele spartsvpvv
      301 giviglflll tvaaggallw rrmrkglpap wisfrgedvg allptpglsk dges
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5楼2014-11-13 21:08:00
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匿名

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kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-11-14 09:15:12
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6楼2014-11-14 01:40:41
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seallinsky

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引用回帖:
6楼: Originally posted by louis_cheung at 2014-11-14 01:40:41
脊椎动物的IgG是一类蛋白，不是一个蛋白，即使是同一物种的IgG,根据重链或轻链，通常又可分为好几个亚类，即使是同一亚类，其germline 序列也有很多条，重排后突变的就数不胜数了~不知亲要哪一条?
...

IgG保守序列，最好是通过基因编码过来的序列
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小木虫总版主
7楼2014-11-23 10:44:11
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匿名

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8楼2014-11-23 12:41:17
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