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seallinsky木虫 (正式写手)
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[求助]
牛IgG蛋白序列 已有3人参与
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| uniprot上实在找不到牛的IgG序列。。。求助各位虫友，最好能提供uniprot号，谢谢！ |
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liuderong
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4楼2014-11-13 19:15:15
liuderong
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【答案】应助回帖
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| 抗体的特点就是每一个序列都不相同，重链和轻链的可变区序列都是随机的，数据库一般都不收录的。如果你要找一些序列来参考，建议你到NCBI上搜索一些结晶结构，有结晶的IgG都会给出序列。给你一个例子http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/mmdb/mmdbsrv.cgi?uid=111112 |
2楼2014-11-13 11:34:19
seallinsky
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3楼2014-11-13 13:23:31
【答案】应助回帖
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IgG receptor FcRn large subunit p51 precursor [Bos taurus] NCBI Reference Sequence: NP_788830.1 Identical Proteins FASTA Graphics Go to: LOCUS NP_788830 354 aa linear MAM 12-SEP-2013 DEFINITION IgG receptor FcRn large subunit p51 precursor [Bos taurus]. ACCESSION NP_788830 VERSION NP_788830.1 GI:41386731 DBSOURCE REFSEQ: accession NM_176657.1 KEYWORDS RefSeq. SOURCE Bos taurus (cattle) ORGANISM Bos taurus Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Cetartiodactyla; Ruminantia; Pecora; Bovidae; Bovinae; Bos. REFERENCE 1 (residues 1 to 354) AUTHORS Sayed-Ahmed,A., Kassab,M., Abd-Elmaksoud,A., Elnasharty,M. and El-Kirdasy,A. TITLE Expression and immunohistochemical localization of the neonatal Fc receptor (FcRn) in the mammary glands of the Egyptian water buffalo JOURNAL Acta Histochem. 112 (4), 383-391 (2010) PUBMED 19481783 REMARK GeneRIF: The present data support the notion that FcRn might be involved in the transfer of maternal immunoglobulins and in the local defense mechanism of the mammary gland. REFERENCE 2 (residues 1 to 354) AUTHORS Zhang,R., Zhao,Z., Zhao,Y., Kacskovics,I., Eijk,Mv., Groot,Nd., Li,N. and Hammarstrom,L. TITLE Association of FcRn Heavy Chain Encoding Gene (FCGRT) Polymorphisms with IgG Content in Bovine Colostrum JOURNAL Anim. Biotechnol. 20 (4), 242-246 (2009) PUBMED 19937499 REMARK GeneRIF: haplotype could also weaken the IgG-FcRn affinity, which may increase the IgG concentration in the milk. REFERENCE 3 (residues 1 to 354) AUTHORS Zimin,A.V., Delcher,A.L., Florea,L., Kelley,D.R., Schatz,M.C., Puiu,D., Hanrahan,F., Pertea,G., Van Tassell,C.P., Sonstegard,T.S., Marcais,G., Roberts,M., Subramanian,P., Yorke,J.A. and Salzberg,S.L. TITLE A whole-genome assembly of the domestic cow, Bos taurus JOURNAL Genome Biol. 10 (4), R42 (2009) PUBMED 19393038 REFERENCE 4 (residues 1 to 354) AUTHORS Doleschall,M., Zhao,Y., Mayer,B., Hammarstrom,L. and Kacskovics,I. TITLE Isolation of the gene encoding the bovine neonatal Fc receptor JOURNAL Vet. Immunol. Immunopathol. 108 (1-2), 145-150 (2005) PUBMED 16095719 REMARK GeneRIF: FcRn alpha chain gene has acquired several repetitive sequences in its 5'-flanking region, including multiple SINE and LINE elements. Potential binding sites for transcription factors within the 5'-flanking sequence were identified REFERENCE 5 (residues 1 to 354) AUTHORS Laegreid,W.W., Heaton,M.P., Keen,J.E., Grosse,W.M., Chitko-McKown,C.G., Smith,T.P., Keele,J.W., Bennett,G.L. and Besser,T.E. TITLE Association of bovine neonatal Fc receptor alpha-chain gene (FCGRT) haplotypes with serum IgG concentration in newborn calves JOURNAL Mamm. Genome 13 (12), 704-710 (2002) PUBMED 12514749 REFERENCE 6 (residues 1 to 354) AUTHORS Kacskovics,I., Wu,Z., Simister,N.E., Frenyo,L.V. and Hammarstrom,L. TITLE Cloning and characterization of the bovine MHC class I-like Fc receptor JOURNAL J. Immunol. 164 (4), 1889-1897 (2000) PUBMED 10657638 COMMENT PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final NCBI review. The reference sequence was derived from AF139106.1. ##Evidence-Data-START## Transcript exon combination :: AF139106.1 [ECO:0000332] RNAseq introns :: single sample supports all introns SRS359244, SRS359245 [ECO:0000348] ##Evidence-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 1..354 /organism="Bos taurus" /db_xref="taxon:9913" /chromosome="18" /map="18" /breed="Holstein Friesian" Protein 1..354 /product="IgG receptor FcRn large subunit p51 precursor" /note="regulates IgG metabolism and transcytosis; Fc receptor" /calculated_mol_wt=36663 sig_peptide 1..23 /inference="COORDINATES: ab initio prediction:SignalP:4.0" /calculated_mol_wt=2498 CDS 1..354 /gene="FCGRT" /coded_by="NM_176657.1:116..1180" /db_xref="BGD:BT11421" /db_xref="GeneID:338062" ORIGIN 1 mrlprpqpwg lglllvllpg alsaenyrsl qyhftavsap aagtpafwvs gwlgpqqyls 61 ynnlraqaep ygawvwesqv swyweketmd lrnqetlfle alqalgegpf tmqgllgcel 121 gpdnvsvpva kfalngeefm mfdpklgiwd gdwpesrtvs ikwtqqpeav nkektfllys 181 cphrllghle rgrgnlewke ppsmrlkarp gspgfsvltc safsfyppel klrflrngla 241 igsgeidmgp ngdgsfyaws sltvksgdeh hyrcvvqhag laqpltvele spartsvpvv 301 giviglflll tvaaggallw rrmrkglpap wisfrgedvg allptpglsk dges |
5楼2014-11-13 21:08:00
