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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 通过什么实验可以获得新蛋白的基因序列？
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OBM2013

铜虫 (小有名气)

[求助] 通过什么实验可以获得新蛋白的基因序列？

现在前沿文献知道一个新蛋白质，但还没报道该蛋白的基因序列，各位大侠有何高见能够获得该蛋白的基因序列？小弟我对该方面的了解比较缺乏，恳请各位大侠指点，如果有相关的文献，最好附上。感激不尽！
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成就理想
1楼 2013-09-10 17:14:58
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

feilinshiji

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 生物工程师 at 2013-10-09 08:39:01
想请教一下，把数据库中没有的蛋白用质谱分析获得全序列的技术流程和相关思路是怎样的？本人也有相关的疑虑。谢谢！
PS：质谱分析肽质量指纹然后对比数据库中的蛋白，通过对比片段的相似性来找到数据库中与未知蛋 ...

跑PAGE胶的时候，你可以把阴阳性对照比对一下，然后把疑似条带切下来，回收纯化，送公司做质谱分析，看看数据库里有没有相应的蛋白。至于测序，一般采用Edman降解法，但是Edman法一次也只能测大概40个氨基酸，所以大分子需要进行水解处理，将其打碎成若干小片段。
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生物工程师
8楼2013-10-09 09:22:41
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feilinshiji

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
OBM2013: 金币+15, ★有帮助 2013-10-10 23:38:13
引用回帖:
5楼: Originally posted by OBM2013 at 2013-09-12 10:27:55
那个是新，发现的蛋白，NCBI上可能没有...

如果是新的蛋白的话，你可以送到公司做质谱分析，得到全序列
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6楼2013-09-19 10:01:45
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生物工程师

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by feilinshiji at 2013-09-19 10:01:45
如果是新的蛋白的话，你可以送到公司做质谱分析，得到全序列...

想请教一下，把数据库中没有的蛋白用质谱分析获得全序列的技术流程和相关思路是怎样的？本人也有相关的疑虑。谢谢！
PS：质谱分析肽质量指纹然后对比数据库中的蛋白，通过对比片段的相似性来找到数据库中与未知蛋白对应的蛋白，这是常用的方法。测定未知蛋白的序列和这个思路相似吗？谢谢！
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7楼2013-10-09 08:39:01
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feilinshiji

银虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 生物工程师 at 2013-10-12 17:04:23
数据库里没有对应的蛋白的话，想获得序列只能通过酶解+edman测序？那酶解成小片段后测序如何还原成该蛋白的全序列呢？有相关软件吗？还原出来的全序列可信度高吗？还望赐教，谢谢！...

据我所知目前氨基酸测序基本上都是用这种方法。至于还原序列问题，这我还真的不是很清楚，我对这方面了解不是很深入，我记得好像生物公司的技术人员告诉我说是根据不同酶降解蛋白质的差异进行推断。
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11楼2013-10-12 19:40:22
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普通回帖

wsh01300

铜虫 (小有名气)
★
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-09-11 11:46:39
没搞明白，你是看文献发现有这么一种蛋白，然后想知道这个蛋白的表达基因呢，还是说你手上已经有这么一种蛋白，然后你想通过实验获得这种蛋白的基因编码序列？如果是后一种的话我到是有些经验。
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2楼2013-09-11 09:46:25
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OBM2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wsh01300 at 2013-09-11 09:46:25
没搞明白，你是看文献发现有这么一种蛋白，然后想知道这个蛋白的表达基因呢，还是说你手上已经有这么一种蛋白，然后你想通过实验获得这种蛋白的基因编码序列？如果是后一种的话我到是有些经验。

我是后一种，我手头上有这么一种蛋白，还请你指导一下小弟我吧，谢谢大侠了
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成就理想
3楼2013-09-11 12:00:44
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hl16010921

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-09-12 12:13:53
Edman降解测序，只测一小段就行了，估计有10个氨基酸足够了。之后NCBI的BLast查同源蛋白，就能查到该基因了。
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4楼2013-09-11 13:43:03
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OBM2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hl16010921 at 2013-09-11 13:43:03
Edman降解测序，只测一小段就行了，估计有10个氨基酸足够了。之后NCBI的BLast查同源蛋白，就能查到该基因了。

那个是新，发现的蛋白，NCBI上可能没有
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成就理想
5楼2013-09-12 10:27:55
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夏天的普洱茶

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-10-09 14:10:37
1纯化蛋白，然后进行氨基酸测序
2根据同源性设计简并引物，直接PCR
3基因文库
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9楼2013-10-09 14:05:35
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生物工程师

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by feilinshiji at 2013-10-09 09:22:41
跑PAGE胶的时候，你可以把阴阳性对照比对一下，然后把疑似条带切下来，回收纯化，送公司做质谱分析，看看数据库里有没有相应的蛋白。至于测序，一般采用Edman降解法，但是Edman法一次也只能测大概40个氨基酸，所以 ...

数据库里没有对应的蛋白的话，想获得序列只能通过酶解+edman测序？那酶解成小片段后测序如何还原成该蛋白的全序列呢？有相关软件吗？还原出来的全序列可信度高吗？还望赐教，谢谢！
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10楼2013-10-12 17:04:23
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