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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 转录组拿到数据后，要着么用呀
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qaz139687

新虫 (小有名气)

[求助] 转录组拿到数据后，要着么用呀 已有1人参与

我要做的基因是octopamine，已经找到我要的基因片段了，下面不知道该着么做，求大神指点  下面附上我的片段

>comp280062_c0;orf1 len=912  frame:2  start:2  end:913  Octopamine receptor 2 [Crassostrea gigas]
CGCCATAAAAAGAAACATTGTAACATTGATAATGACAATGAAACAAGTTGTATTAATCCG
CATCCAGCTACAACATGCACAACTCAAATAGACTTACAACCTCCTATTGTCATGAAAGAC
AAATCCACACAAATTAGTCCGCTTCCTAAAAGACCTTTACGGAAATCTACAGAAGACCCC
AAGTTAAAAGGAAATAATCTTAATAACGAAAAAGATCTTAAAACTAACAGTTCGACAATG
TTGCTTACAGTAAGCAACGATGTGAAAGGATCAGCTGAACAGCAAACACAAGCTGGTCCT
AAAACAAAACAACCCGTGTCTGCAATGAACGGGAAGAAAAAGCACATTGAACCTAGTCGT
TCAACTGACGATAACGATGAGAACGGGATAGTAATGGACGACAGCTCCGGTGACACTGTC
AGTTATAAGGAAGAAAATATATGCTGCAGTGGATGTGCATGCAAGTCGTGTTCTCCTATG
TTCAATTGTTTGATTATAAAACGTTCTAATAAAAACAACAATAATCAGAGACGTGACAGC
GAAGGTCATAAATCTTTAAAAATTAAAAAAGGCAGTTCCTTGAAGAAACGTGCAATACAA
CTACGGAATAAAAGTATGACTGGTATAAAGAGTAAATATGAACTAAGAGAACAGAGAGCA
ACTAAAAGAATGGCAATAGTAATGGCATGTTTCTGTTTTTGTTGGATCCCTTTCCTATTT
ATGTATTTAATTCGAAGCTTCTGTGATAATTGTGAACTTGACATTCATATACAGGCTGCC
ATTATCTGGCTAGGATATGCCAACTCCGGTATAAATCCTATTTTATATACTCTATTCAAT
GATGACTTCCGCAGAGCCTTTGAGATAATTCTTGGAATTAGACGATCAAAACATAAGAAA
CGGAGACATTAG
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1楼 2014-10-17 14:51:02
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qaz139687

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-17 15:34:10
接下来要做基因注释，计算每个基因的表达水平啥的。如果你做的是RNA-Seq，可以用Galaxy在线分析pipeline做，或者下载CLC Genomics Workbench软件做（商业版的，操作简单，可以试用若干天）

不懂，不是说什么要先去NCBI上面比对吗
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3楼2014-10-19 14:38:57
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
qaz139687(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-10-17 15:46:41
qaz139687: 金币+1 2014-10-19 14:38:55
接下来要做基因注释，计算每个基因的表达水平啥的。如果你做的是RNA-Seq，可以用Galaxy在线分析pipeline做，或者下载CLC Genomics Workbench软件做（商业版的，操作简单，可以试用若干天）
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2014-10-17 15:34:10
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by qaz139687 at 2014-10-19 14:38:57
不懂，不是说什么要先去NCBI上面比对吗...

基因组比较适合在NCBI上做比对，转录组的数据一般比较大，直接在NCBI上做可能比较麻烦。CLC Genomics Workbench软件处理速度很快，新版本能连到NCBI上做基因注释。
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4楼2014-10-19 18:26:02
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