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qaz139687

新虫 (小有名气)

[求助] 转录组拿到数据后,要着么用呀 已有1人参与

我要做的基因是octopamine,已经找到我要的基因片段了,下面不知道该着么做,求大神指点  下面附上我的片段

>comp280062_c0;orf1 len=912  frame:2  start:2  end:913  Octopamine receptor 2 [Crassostrea gigas]
CGCCATAAAAAGAAACATTGTAACATTGATAATGACAATGAAACAAGTTGTATTAATCCG
CATCCAGCTACAACATGCACAACTCAAATAGACTTACAACCTCCTATTGTCATGAAAGAC
AAATCCACACAAATTAGTCCGCTTCCTAAAAGACCTTTACGGAAATCTACAGAAGACCCC
AAGTTAAAAGGAAATAATCTTAATAACGAAAAAGATCTTAAAACTAACAGTTCGACAATG
TTGCTTACAGTAAGCAACGATGTGAAAGGATCAGCTGAACAGCAAACACAAGCTGGTCCT
AAAACAAAACAACCCGTGTCTGCAATGAACGGGAAGAAAAAGCACATTGAACCTAGTCGT
TCAACTGACGATAACGATGAGAACGGGATAGTAATGGACGACAGCTCCGGTGACACTGTC
AGTTATAAGGAAGAAAATATATGCTGCAGTGGATGTGCATGCAAGTCGTGTTCTCCTATG
TTCAATTGTTTGATTATAAAACGTTCTAATAAAAACAACAATAATCAGAGACGTGACAGC
GAAGGTCATAAATCTTTAAAAATTAAAAAAGGCAGTTCCTTGAAGAAACGTGCAATACAA
CTACGGAATAAAAGTATGACTGGTATAAAGAGTAAATATGAACTAAGAGAACAGAGAGCA
ACTAAAAGAATGGCAATAGTAATGGCATGTTTCTGTTTTTGTTGGATCCCTTTCCTATTT
ATGTATTTAATTCGAAGCTTCTGTGATAATTGTGAACTTGACATTCATATACAGGCTGCC
ATTATCTGGCTAGGATATGCCAACTCCGGTATAAATCCTATTTTATATACTCTATTCAAT
GATGACTTCCGCAGAGCCTTTGAGATAATTCTTGGAATTAGACGATCAAAACATAAGAAA
CGGAGACATTAG
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
qaz139687(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-10-17 15:46:41
qaz139687: 金币+1 2014-10-19 14:38:55
接下来要做基因注释,计算每个基因的表达水平啥的。如果你做的是RNA-Seq,可以用Galaxy在线分析pipeline做,或者下载CLC Genomics Workbench软件做(商业版的,操作简单,可以试用若干天)
2楼2014-10-17 15:34:10
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qaz139687

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-17 15:34:10
接下来要做基因注释,计算每个基因的表达水平啥的。如果你做的是RNA-Seq,可以用Galaxy在线分析pipeline做,或者下载CLC Genomics Workbench软件做(商业版的,操作简单,可以试用若干天)

不懂,不是说什么要先去NCBI上面比对吗
3楼2014-10-19 14:38:57
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by qaz139687 at 2014-10-19 14:38:57
不懂,不是说什么要先去NCBI上面比对吗...

基因组比较适合在NCBI上做比对,转录组的数据一般比较大,直接在NCBI上做可能比较麻烦。CLC Genomics Workbench软件处理速度很快,新版本能连到NCBI上做基因注释。
4楼2014-10-19 18:26:02
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