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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 细菌荧光定量PCR的内参
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littlefly1980

新虫 (初入文坛)

[求助] 细菌荧光定量PCR的内参 已有4人参与

各位大侠：
             我想在在做细菌的荧光定量PCR，染料法，以前很多文章中都用16SrRNA做内参，可是我听一个同事说现在用16SrRNA做内参，国外的文章都不承认。可是要自己筛选内参真的不容易，因为这个细菌的基因组序列不知道，只能根据相近的菌的基因组设计引物，又要再保守区设计，又要特异扩增，真的不容易。我刚刚设计了几对都没成功！
请问
1.用16SrRNA做内参，是不是真的国外的文章都不接受？
2.大家做细菌的荧光定量PCR都用什么做内参？
3.都自己筛选内参吗？
万分感谢！
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1楼 2014-10-13 11:47:46
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cjl25413477

木虫 (正式写手)

欧巴

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 鼓励交流 2014-10-13 15:55:34
littlefly1980(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-10-15 15:00:08
1.用16SrRNA做内参，是不是真的国外的文章都不接受？
这个不是绝对的，不过大多数的sci都不接受！
2.大家做细菌的荧光定量PCR都用什么做内参？
内参的选择，有很多文献都有提到的，中文的英文的都有，ldh这个应该可以
3.都自己筛选内参吗？
有好的内参就大家一起分享了，毕竟自己筛选太麻烦了，看到文献里有提到的就拿来用就好了！
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路漫漫兮，吾必上下而求索！
2楼2014-10-13 15:42:47
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happydove

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
同意楼上的，抽时间多查查文献，实在没找到，就求助一下导师，听听他的意见。
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3楼2014-10-13 16:08:35
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littlefly1980

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by happydove at 2014-10-13 16:08:35
同意楼上的，抽时间多查查文献，实在没找到，就求助一下导师，听听他的意见。

谢谢大家！我已经查了好多文献，一般的都用16S，，我的菌是Pseudoalteromonas的，和Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125同源性比较高，但是没有找到这个属的内参，我再好好查查。导师也不太懂，呵呵，让我自己查！
1.如果文献中的菌和我的不是一个属的可以共用内参吗？
2.如果大家有Pseudoalteromonas的内参的，请求帮忙提供内参及相关文献。谢谢！
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4楼2014-10-14 09:13:53
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littlefly1980

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cjl25413477 at 2014-10-13 15:42:47
1.用16SrRNA做内参，是不是真的国外的文章都不接受？
这个不是绝对的，不过大多数的sci都不接受！
2.大家做细菌的荧光定量PCR都用什么做内参？
内参的选择，有很多文献都有提到的，中文的英文的都有，ldh这个应该 ...

我是新虫，怎样悬赏呀？
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5楼2014-10-15 11:14:05
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wang109

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

可以用细菌的持家基因作为内参吗？铜绿acsA-F   ACCTGGTGTACGCCTCGCTGAC
acsA-R   GACATAGATGCCCTGCCCCTTGAT

aroE-F   TGGGGCTATGACTGGAAACC
aroE-R   TAACCCGGTTTTGTGATTCCTACA

guaA-F   CGGCCTCGACGTGTGGATGA
guaA-R   GAACGCCTGGCTGGTCTTGTGGTA

mutL-F   CCAGATCGCCGCCGGTGAGGTG
mutL-R   CAGGGTGCCATAGAGGAAGTC

nuoD-F   ACCGCCACCCGTACTG
nuoD-R   TCTCGCCCATCTTGACCA

ppsA-F   GGTCGCTCGGTCAAGGTAGTGG
ppsA-R   GGGTTCTCTTCTTCCGGCTCGTAG

trpE-F   GCGGCCCAGGGTCGTGAG
trpE-R   CCCGGCGCTTGTTGATGGTT
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6楼2015-04-23 21:45:44
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请叫我悠悠

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by littlefly1980 at 2014-10-14 09:13:53
谢谢大家！我已经查了好多文献，一般的都用16S，，我的菌是Pseudoalteromonas的，和Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125同源性比较高，但是没有找到这个属的内参，我再好好查查。导师也不太懂，呵呵，让我自己查 ...

您好 我的是假单胞菌 您知道这个内参的引物序列吗？有没有论文参考 做了好久了 ct值都偏大 25左右 跟目的基因差不多的ct值 求帮忙

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7楼2017-06-02 12:48:56
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