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littlefly1980

新虫 (初入文坛)

[求助] 细菌荧光定量PCR的内参 已有4人参与

各位大侠:
             我想在在做细菌的荧光定量PCR,染料法,以前很多文章中都用16SrRNA做内参,可是我听一个同事说现在用16SrRNA做内参,国外的文章都不承认。可是要自己筛选内参真的不容易,因为这个细菌的基因组序列不知道,只能根据相近的菌的基因组设计引物,又要再保守区设计,又要特异扩增,真的不容易。我刚刚设计了几对都没成功!
请问
1.用16SrRNA做内参,是不是真的国外的文章都不接受?
2.大家做细菌的荧光定量PCR都用什么做内参?
3.都自己筛选内参吗?
万分感谢!
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cjl25413477

木虫 (正式写手)

欧巴

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 鼓励交流 2014-10-13 15:55:34
littlefly1980(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-10-15 15:00:08
1.用16SrRNA做内参,是不是真的国外的文章都不接受?
这个不是绝对的,不过大多数的sci都不接受!
2.大家做细菌的荧光定量PCR都用什么做内参?
内参的选择,有很多文献都有提到的,中文的英文的都有,ldh这个应该可以
3.都自己筛选内参吗?
有好的内参就大家一起分享了,毕竟自己筛选太麻烦了,看到文献里有提到的就拿来用就好了!
路漫漫兮,吾必上下而求索!
2楼2014-10-13 15:42:47
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happydove

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
同意楼上的,抽时间多查查文献,实在没找到,就求助一下导师,听听他的意见。
3楼2014-10-13 16:08:35
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littlefly1980

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by happydove at 2014-10-13 16:08:35
同意楼上的,抽时间多查查文献,实在没找到,就求助一下导师,听听他的意见。

谢谢大家!我已经查了好多文献,一般的都用16S,,我的菌是Pseudoalteromonas的,和Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125同源性比较高,但是没有找到这个属的内参,我再好好查查。导师也不太懂,呵呵,让我自己查!
1.如果文献中的菌和我的不是一个属的可以共用内参吗?
2.如果大家有Pseudoalteromonas的内参的,请求帮忙提供内参及相关文献。谢谢!
4楼2014-10-14 09:13:53
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littlefly1980

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cjl25413477 at 2014-10-13 15:42:47
1.用16SrRNA做内参,是不是真的国外的文章都不接受?
这个不是绝对的,不过大多数的sci都不接受!
2.大家做细菌的荧光定量PCR都用什么做内参?
内参的选择,有很多文献都有提到的,中文的英文的都有,ldh这个应该 ...

我是新虫,怎样悬赏呀?
5楼2014-10-15 11:14:05
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wang109

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

可以用细菌的持家基因作为内参吗?铜绿acsA-F   ACCTGGTGTACGCCTCGCTGAC
acsA-R   GACATAGATGCCCTGCCCCTTGAT

aroE-F   TGGGGCTATGACTGGAAACC
aroE-R   TAACCCGGTTTTGTGATTCCTACA

guaA-F   CGGCCTCGACGTGTGGATGA
guaA-R   GAACGCCTGGCTGGTCTTGTGGTA

mutL-F   CCAGATCGCCGCCGGTGAGGTG
mutL-R   CAGGGTGCCATAGAGGAAGTC

nuoD-F   ACCGCCACCCGTACTG
nuoD-R   TCTCGCCCATCTTGACCA

ppsA-F   GGTCGCTCGGTCAAGGTAGTGG
ppsA-R   GGGTTCTCTTCTTCCGGCTCGTAG

trpE-F   GCGGCCCAGGGTCGTGAG
trpE-R   CCCGGCGCTTGTTGATGGTT
6楼2015-04-23 21:45:44
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请叫我悠悠

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by littlefly1980 at 2014-10-14 09:13:53
谢谢大家!我已经查了好多文献,一般的都用16S,,我的菌是Pseudoalteromonas的,和Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125同源性比较高,但是没有找到这个属的内参,我再好好查查。导师也不太懂,呵呵,让我自己查 ...

您好 我的是假单胞菌 您知道这个内参的引物序列吗?有没有论文参考 做了好久了 ct值都偏大 25左右 跟目的基因差不多的ct值 求帮忙

发自小木虫IOS客户端
7楼2017-06-02 12:48:56
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